随着通信技术的发展，知识信息的传播和应用达到了空前的规模，技术创新模式发生了根本性变化。网络式创新是经历了技术推动模式、需求拉动模式、交互模式、综合模式后的第五代创新模式，也是未来创新研究的主导方向。面对网络创新模式的背景，区域创新网络也成为目前学术界研究的热点问题。　　本文研究基于区域创新环境、社会网络、复杂网络、区域创新效率等方面的理论和方法，以区域创新网络为研究对象，基于29个区域医药制造业创新网络的2004年至2008年面板数据，从产出角度探讨区域创新网络的产出影响因素，从投入角度探讨区域创新网络创新资源配置效率、相对创新效率以及其变迁情况。运用实证结果，提出提高区域医药制造业创新网络创新效率的保障措施。　　论文的主要内容如下：首先，介绍研究问题及研究意义、相关概念的界定、研究内容及可能的创新之处；第二，对区域创新网络、区域创新效率理论等相关研究文献进行回顾；第三，将复杂网络理论与区域创新网络理论相结合，从产出的角度出发，探讨知识流动视角下区域创新网络结构对创新绩效的影响；第四，从网络创新产出的角度，首先归纳与总结区域创新环境的构成及其对网络创新的影响，结合区域创新网络的特点，运用间接指标或替代指标来反映环境影响因素，利用多元回归分析方法分析影响创新网络创新绩效的区域创新环境显著因素。最后，从投入的角度，利用投入-DEA的方法，探析我国各区域医药制造业创新网络创新效率的各年度现实情况，利用Malmquist指数比较分析我国区域医药制造业创新网络创新效率的2004-2008年动态变化情况，并总结造成其创新效率不高的原因。同时分别从投入与产出角度提出提高创新网络创新效率的对策与建议。