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铜分子伴侣是结合铜的小蛋白质，并将结合的铜运送到依赖铜的目标蛋白上。铜结合蛋白不仅可以保护细胞免受铜的毒害，而且可以消除超氧化阴离子的毒性。在植物中，已经鉴定出许多铜分子伴侣家族的成员。根据功能的不同，可以分为三种类型：第一种类型是拟南芥CCH基因，与酵母的ATX1同源，参与了铜的运输和活性氧的清除；该基因在RNA水平和蛋白质水平被研究最透彻的植物铜分子伴侣基因。第二种类型的铜分子伴侣为AtCOX17基因，最近从拟南芥中被分离出来，在功能上与酵母的COX17基因同源，也能将铜运输到细胞色素氧化酶分子上，用来修复ROS诱导的电子传递链的中断。第三种类型是从拟南芥基因组中所分离鉴定出的CCS基因，其功能是将铜送至Cu／Zn超氧化物歧化酶。目前该基因番茄和马铃薯中得到克隆。本论文对黄瓜CCH基因的生物信息学进行了分析包括氨基酸序列的比对、进化树分析、蛋白质二级结构预测、跨膜结构及理化性质预测、基因保守序列分析、亚细胞定位预测和蛋白质三维结构的预测；同时通过RT-PCR分析明确该基因在不同组织以及Cu和盐胁迫下的表达特性，该研究为今后进一步研究该基因的功能和调控机制奠定基础。 一、黄瓜CCH基因的生物信息学分析 1 通过BLASTp进行了黄瓜CCH氨基酸序列的比对。 将黄瓜CCH氨基酸序列提交到比对程序中，程序地址http://www.ncbi.nlm.nih.gov/blastp，经过比对，挑选出15个与黄瓜CCH氨基酸序列相似性相对较高的序列。这些序列来源于拟南芥、番茄、马铃薯、水稻、大麦、杨树、车前子、酵母、鱼类、犬类、人类。 2 利用Treeview软件进行了进化树的绘制。 首先将与黄瓜CCH氨基酸序列同源性较高的15个序列输入到clustalx程序中，生成phylip格式文件，用treeview程序进行观看上面生成的文件，即可得到进化树。通过进化树的分析看出黄瓜的CCH基因在亲缘关系上与拟南芥的Cu／Zn过氧化物歧化酶铜分子伴侣最近，其次，是白马铃薯的铜分子伴侣基因，从这一点可以推测，黄瓜CCH基因产物的功能可能侧重于将铜运输到Cu／Zn超氧化物歧化酶。