环境行政公益诉讼被告特指由法律、法规明确授权负有环境保护监督职责,因自身的行政行为侵犯环境公共利益,被有权主体起诉到法院要求承担法律责任的行政主体。根据现行法律规定具体包括,各级人民政府和负有环境保护监督管理职责的政府职能部门两种类型。通过对我国近5年发生的50件环境行政公益诉讼司法案例进行统计分析发现,环境行政公益诉讼中的被告具有鲜明的特点。首先,被诉的人民政府均为乡镇级。其次,被诉的政府职能部门不仅局限于生态环境部门。再次,被诉的领域相对集中。最后,涉诉原因大多是行政不作为。我国现行相关法律没有针对环境行政公益诉讼被告相关的问题作出有针对性的规定。但是,简单适用现行法律中的一般规定,又并不能满足于司法实践的实际需求。在权力监督理论、行政行为理论、诉之利益理论、风险预防理论的指导下,通过对案例的分析发现,在环境行政公益诉讼的司法实践中存在诉讼被告资格认定混乱、被诉范围不清、结果导向性的举证责任过于绝对、责任承担方式缺乏针对性等局限。具体而言:被告的职责与职权并没有真正理清且没有对应匹配,规范性文件未纳入司法审查范围之中,对预防性违法行政行为的重视不够,完全以结果为依据评判被告履职行为的实践做法反映出分配至被告的举证责任有待厘清,判决被告承担责任的方式缺乏及时性、针对性。通过借鉴美国、德国以及我国台湾地区明确将政府确定为被告、法律列举被诉行为类型、合理划定证明标准等相关立法和司法经验。结合我国实际情况,建议从以下方面完善我国环境行政公益诉讼被告的相关制度:首先,以法律的形式明确权力主体和职责内容,匹配法律责任。其次,将抽象行政行为、预防性违法行政行为纳入环境行政公益诉讼的被诉范围,并将违规行为排除在被诉范围之外。再次,采用递进方式分配被告举证责任,同时规定被告可以举证证明的免责事由。最后,明确政府承担生态修复法律责任的方式和情形,引入环境保护禁止令制度,并完善官员个人追责机制,加强对具体责任人的法律问责。