生物科技企业，能否对未来发展方向进行准确预测，抢先研制出富有技术竞争力和市场前景的核心专利产品并申请多项外围专利，既关系到企业能否占领市场并获取超额利润，也关系到其进一步发展空间的大小。研发创新是生物科技企业生存和发展的核心。因此，生物科技企业决策者应能对研发投资进行科学合理地评价。生物科技企业研发项目一般有资金投入巨大、周期长和风险高等特性，因此，对其进行科学估值就非常复杂。传统的投资评价方法（NPV法或NPV法的改良）很难科学地对生物技术研发项目进行评价。复合实物期权作为一种决策工具，可用于多阶段的序列投资决策问题，适用于生物技术研发项目投资评价。本文在评述实物期权及复合实物期权的理论模型、模型求解和应用研究进展的基础上，结合生物技术研发项目的复合实物期权特点、现代数值分析技术、金融工程学和现代项目管理等理论，分析复合实物期权理论运用于生物技术研发项目投资决策所具有的优势，分别构建技术确定和不确定条件下生物技术研发项目多阶复合实物期权定价模型，并求技术确定条件下模型的封闭形式解和探索技术不确定条件下模型的数值解。最后，将构建的模型应用于案例分析。技术不确定情形与确定情形的模型计算结果表明，技术确定情形高估了生物技术研发项目的价值，且随着生物技术企业价值增大高估程度越来越大；技术确定情形在期初会高估执行阈值，而在后期却低估了执行阈值。对技术不确定生物技术研发项目的复合实物期权模型的敏感性分析表明，生物技术研发项目的复合实物期权价值是随技术不确定增加而减小，随项目瞬时回报率增加而增加，随无风险利率增加而减小；项目各个决策时刻对可执行期权价值的要求随技术不确定增加而增加，随项目瞬时回报率增加而减小，随无风险利率增加而增加。