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本文第一部分应用ESI-Q-TOF研究了寡核苷酸分子在电喷雾离子化过程中碱基丢失的顺序及在串联质谱中寡核苷酸链的裂解过程。发现在电喷雾离子化过程中，碱基的丢失与所带电荷有关，所带电荷越多的寡核苷酸分子离子越容易失去碱基，碱基的丢失与碱基所处的位置无关，并且碱基丢失的顺序为A＞C＞G＞T，与前人报道的在MALDI离子化过程中碱基丢失的顺序不同，推测这种碱基丢失的顺序反应了连接碱基与磷酸戊糖链共价键的强弱。同时还以丢失不同单碱基的寡核苷酸分子离子为母离子进行串联质谱分析，发现失去一个碱基后寡核苷酸分子离子还容易再次发生碱基丢失，而且碱基的丢失与寡核苷酸磷酸戊糖链裂解之间没有直接关系，但是丢失一个碱基后分子离子的稳定性减弱。结合前人已报道的寡核苷酸分子在串联质谱中的裂解机理，我们提出一个新的裂解机理。同时，运用ESI-Q-TOF研究了硫代反义核酸在电喷雾离子化过程中碱基丢失的顺序及在串联质谱中寡核苷酸链的裂解过程，发现其裂解过程与普通寡核苷酸的裂解过程一致，并且可以在串联质谱图上很容易读出10个碱基的序列。 本文的第二部分建立了一种适于大规模、高通量SNP分型的方法。运用等位基因特异的延伸反应来决定SNP位点处的碱基类型，同时基于MALDI-TOF质谱检测延伸产物与延伸引物间分子量的差值来鉴定这个碱基。详细讨论了这个方法的种种环节，并且对每一步进行了优化。同时还尝试应用ESI-Q-TOF质谱代替MALDI-TOF质谱进行SNP分型的检测，探讨了两种生物质谱应用于高通量SNP分型方面各自的优越性。 最后一部分应用电喷雾质谱分析了反义核酸酸药物（癌泰得）与BSA形成的复合物，通过复合物的分子量和在平衡体系中各种成份质谱峰的强度计算出该复合物的结合计量与在平衡状态下各种成份的浓度，从而算出解离常数。一分子的BSA可以结合二分子的癌泰得，其解离常数KD1=0.5μM；KD2=4μM。