继《刑法修正案（八）》对罪名进行修改之后，污染环境罪在司法适用中又有了最新司法解释的规范与指导。《解释》针对办理环境污染刑事案件取证难、鉴定难、认定难等问题，出台制定了一系列的定罪量刑新规定。其中既有改变法律性质的“质变”，又有具体认定标准的“量变”。但是污染环境罪作为一个新罪，其立法设置仍不完备，司法适用也尚存缺陷。基于此，该罪理论和实践中均出现了较多值得探讨的问题，其中尤以既遂形态、主观罪过及司法适用方面的问题为甚。因此笔者从该罪现存争议较大的这三个方面问题入手，以实然的视角对问题的本质进行剖析及评价，更好地做出司法上的应对；同时以应然的角度对问题的解决提出设想及建议，以期从立法上进行完善。具体而言，本文以刑法规定为基础，以最新司法解释为视角，以各学派观点为参考，共分为四部分进行研究和论述：第一部分是全文研究的基础与背景，着重概述了污染环境罪的法制化进程，为下文的论述设定了语境。笔者在第一节以时间节点的方式将该罪的形成与完善分为四个阶段；并在第二节以逻辑分类的方式简要评析最新司法解释的内容及意义，同时提出司法解释最大的成就就是设置了行为犯的入罪标准。第二部分是全文研究的最核心内容，重点论述了污染环境罪既遂形态的历史、现状及未来。笔者在第一节综述和批判了该罪原来的结果犯既遂形态，认为结果犯不利于环境保护和犯罪预防；第二节笔者阐述了司法解释对现行犯罪既遂形态的确立，并认为行为犯与结果犯兼有的形式具有积极意义，但尚需完善；第三节笔者着重论证了该罪增设危险犯的必要性和可行性，并从立法和司法上提出具体的设置建议。第三部分是全文研究由客观向主观的回归，着重论述了污染环境罪主观罪过的界定和完善。笔者在第一节分析比较了对该罪主观方面的各学派观点，并提出该罪主观应包含故意及过失的主张；第二节笔者引入介绍了英美严格责任归罪原则，并在论证其在我国污染环境罪有必要引入的前提下，提出对严格责任的适度引入和限制性措施。第四部分是全文研究由理论回归实践的章节，重点分析了污染环境罪司法适用中可能出现的问题和应对方法。笔者在第一节分析了现行因果关系认证理论的缺陷，并提出对于疫学因果关系理论和因果关系推定原则的选择适用；第二节笔者以表格的形式分析比较了司法解释对于最新入罪标准和加重情节的规定，提出相应的注意事项；而在第三节笔者在结合现实案例和地方规定的情况下，分别从单位犯罪和共同犯罪的角度对现行刑法规定及司法解释规定的具体适用提出了自己的看法与建议。