长叶红砂(Reaumuria trigyna)隶属于柽柳科(Tamaricaceae)红砂属(Reaumuria),属中国特有种,仅分布于中国的内蒙古及宁夏地区,为强旱生耐盐小灌木,被认定为古地中海珍稀孑遗植物。生境片段化是长叶红砂面临的生存威胁之一,使得长叶红砂原本连续的大种群变成多个孤立的小种群,种子扩散和种群的建立受到限制,对其种群间基因交流和移居活动产生直接障碍,加速种群数量的下降,开展长叶红砂种群遗传学研究,有助于深入了解长叶红砂进化潜力及适应机制。本研究利用从长叶红砂转录组数据中开发出的10个SSR标记,选取长叶红砂分布区10个种群(其中内蒙古7个种群,宁夏3个种群)为研究对象,对10个种群的200个长叶红砂个体进行种群遗传多样性和遗传结构研究,分析其进化潜能及生存风险,为进一步开展该植物保护生物学奠定基础。研究结果如下：1.本实验在长叶红砂耐盐转录组深度测序基础上搜索并筛选出10个具有多态性的SSR位点。利用长叶红砂中的10对多态性引物在红砂基因组DNA中进行引物通用性鉴定,得出Unigene7818、 Unigene32181、Unigene27927三对引物在红砂中鉴定效果明显,可以应用于红砂研究中。2.对10个SSR位点进行中性位点检验,结果显示在95%的置信区间内,7个位点为中性进化位点,3个位点为平衡选择作用位点。3.10对SSR引物共检测出29个多态性位点,各个SSR位点的多态性信息含量值变化范围从0.2352到0.5019,其中(GCT)6位点的为高度多态性标记。4.长叶红砂种群的遗传多样性分析显示,长叶红砂种群内遗传多样性较低,种群内遗传变异大于种群间遗传变异,各个种群间遗传分化度较大,存在遗传漂变和严重的近交现象。5.采用STRUCTURE、UPGMA、PCA三个软件对200个长叶红砂个体进行聚类分析,研究结果均为所有个体分为两个亚群,因此推测长叶红砂的两个亚群很可能是该物种在冰期避难所的残留代表。6.针对长叶红砂生长现状提出切实可行的保护措施：加强居民濒危植物的保护意识,建立保护区；定期在保护区内播散长叶红砂种子,增长其生长面积；对不能划入保护区的长叶红砂种群进行就地保护；人工进行基因流维护,制定出该物种在野外的最适萌发体系。