海洋微生物酶的开发和利用是实现海洋资源高值化的关键技术之一。琼胶酶（agarase）是可以将琼胶（琼脂）降解为琼胶寡糖的酶。不同聚合度的琼胶寡糖已被发现具有越来越多的生理功能活性,生产系列琼胶寡糖也成为了琼胶酶的一个主要应用。此外,琼胶酶还可以用于琼脂糖电泳中的核酸回收、制备海藻细胞原生质体、筛选信号肽序列等。目前的琼胶酶主要来自海洋细菌。本论文首先采集汕头海域表层沉积物和富含琼胶的紫菜藻体样品,从中筛选得到两株高产琼胶酶的海洋细菌HZ105和ZC1。通过对菌株的常规特性分析和分类鉴定,菌株HZ105归属于Agarivorans,命名为Agarivorans sp.HZ105。而16SrDNA序列分析结果,同时结合细胞形态、全细胞脂肪酸组分、碳源利用、部分生理生化性质、基因组GC含量等分析表明,菌株ZC1应作为标准菌株建立一个新属,其中菌株ZC1是一株代表新种的菌株。进一步研究了培养时间、培养基pH和NaCl浓度对两菌株生长和产琼胶酶的影响。其中菌株HZ105在pH7-10、NaCl浓度为1-3%范围内培养16h产琼胶酶最好,说明菌株HZ105偏好碱性环境生长,其所产琼胶酶也可能耐碱性。此外,菌株HZ105的胞外琼胶酶粗酶液在室温存放2天后还能保持90.9%的酶活力。而菌株ZC1在pH7-8、NaCl浓度为2-3%范围内产琼胶酶最好;但ZC1的营养需求比较特别,只能利用Biolog系统的GN2板95种碳源中葡萄糖、半乳糖、麦芽糖、淀粉、糊精等少数碳源。不过菌株ZC1的琼胶酶不是只由琼脂诱导产生,这也是其独特之处,使运用廉价的碳源生产琼胶酶成为可能。采用从聚丙烯酰胺凝胶电泳凝胶回收蛋白的方法分离纯化了菌株HZ105的三个胞外琼胶酶,并通过SDS-PAGE电泳测得了其分子量54kDa、58kDa、105kDa,接着运用串联质谱技术鉴定了该三个琼胶酶,发现这三个酶均为β琼胶酶,属于糖基水解酶50家族。根据琼胶酶的串联质谱结果和Genbank中已报道的相关琼胶酶基因信息,设计引物,通过PCR技术从菌株HZ105中克隆了一段分子量约为105kDa的琼胶酶的编码基因,成熟蛋白编码序列长2931bp,将该基因序列比对NCBI的CDD保守区数据库,未搜索到保守区,说明其可能存在新的活性催化部位。将该基因与pET-32a（+）构建重组表达载体,转化大肠杆菌,初步探索了琼胶酶基因的重组表达。