随着我国与东盟十国经贸往来的加深,各种由于贸易所引起的争端不时发生。在21世纪,这个以知识为财富的年代,我国对因知识产权的保护而引起争端问题越来越重视。在《中华人民共和国与东南亚国家联盟全面经济合作框架协议》签署后,中国与东盟的法律体系开始渐显雏形,《中国与东盟关于争端解决机制的协议》的订立,更是为中国与东盟各国之间的贸易纠纷的解决提供了一个具有法律约束力的模式。中国与东盟各国的贸易争端以及由于贸易引起的知识产权争端都可以通过《中国与东盟关于争端解决机制的协议》中规定的相关解决方式进行处理。但是,笔者经过查询有关网站及文字资料后发现,中国与东盟各国经贸争端(包括知识产权争端)的解决很大一部分是通过纠纷当事方所在的国家出面进行协商来寻求保护和救济,以此来解决双方的纠纷,由此带来了案件处理效率缓慢、争端案件结果预期模糊、知识产权保护效果不明显甚至得不到保护等情况。为什么《中国与东盟关于争端解决机制的协议》签署七年多来,没有一起争端案件(包括知识产权争端案件)是依据协议中规定的仲裁条款进行解决是本文所探寻的根本性问题。本文由引言、正文、结语三个部分组成。引言部分,笔者主要介绍了本文的选题意义、该理论现阶段的研究现状、本文的结构以及创新之处；正文部分,在第一阶段对争端解决机制进行了分析。在此基础之上,给与了定义,并就中国-东盟自由贸易区中现存的争端解决模式的趋向性进行了阐述,为解决笔者心中的疑问铺垫了理论性基础；在第二阶段,笔者对中国-东盟自由贸易区中的有关知识产权保护和有关争端解决的法律文件进行逐一分析,在把当下解决相关知识产权纠纷的争端处理方式的法律依据体系呈现的同时,对现存的处理相关知识产权争端解决方式提出了自己的疑问：为什么不运用仲裁程序处理纠纷?第三阶段中,笔者对国际上两个较为成熟区域组织中的知识产权保护程度和相关争端处理机制进行了详细的分析,并与中国-东盟争端解决机制做出比对,以此寻求是否是体系建立的模式出现问题,才导致“制度疏于实践”的原因；第四阶段,笔者在排除了体系设置的原因之后,将分析的重点放到了中国-东盟自由贸易区争端解决机制本身内部和外部的因素上,并发现体制内部的“东盟方式”对区域内争端处理机制的方式选择具有十分强的影响。除此之外,笔者还针对现阶段中国-东盟自由贸易区争端解决机制的发展的理论动向提出了自己的见解；第五部分,笔者承接上文的分析,依据中国现实情况提出了具有操作性的应对现阶段中国-东盟自由贸易区中存在的惯用争端处理模式的应对方式。笔者通过对上述五个方面进行层层递进式的探讨,运用经济学原理、法理学、国际法学等相关理论,采用对比方法,对中国-东盟自由贸易区的总体法律体系进行了阐述,重点对相关知识产权争端处理机制的现存模式、趋向模式给予了详细的分析。以中国-东盟争端解决机制中为什么会出现“制度与实践相背离”作为基础性问题,贯穿整篇文章。通过分析,在使整个中国-东盟处理有关知识产权争端处理机制明晰的同时,也逐渐使最初萦绕在笔者心间的问题得以化解。结语部分,笔者做出了一些期许,只有在中国与东盟各国的贸易争端,特别是知识产权争端出现仲裁的身影时,才能使中国-东盟争端解决机制在实践中得以真正的考验。