进入新世纪以来,内部审计环境发生了诸多变化,内部审计同时服务于治理主体和治理对象,其所处的独特地位,使其成为透视整个组织的窗口,成为公司治理各相关方赖以存在和发展的极具价值的资源。但是,我国内部审计目前还存在着很多问题,比如,内部审计机构隶属关系不确定就是一个比较突出的问题。为此,笔者借鉴国内外大量关于内部审计机构设置的文献,对内部审计机构隶属关系确定的理论依据及方式进行了较为系统的分析,希望能够籍此探索出适合我国公司治理状况的内部审计机构设置框架,以有助于内部审计职能的进一步发挥,有助于公司治理结构的进一步完善,有助于我国内部审计工作的全面发展。结合不同企业的内部审计职能定位以及公司治理的要求,本文认为:我国国有企业的治理结构由于其公共产权属性和所有者缺位,造成企业的监督职能淡化,董事会和经理层混淆不清,所以现阶段应该加强监事会的有效性,并且选择内部审计机构隶属于监事会或者监事会下设的审计委员会的设置方式;随着我国产权关系进一步明晰,可以选择由董事会下设审计委员会,内部审计机构隶属于董事会或其下设的审计委员会的方式。与国有企业不同,民营企业最大的特点是主体明确,产权清晰,董事会代表股东大会行使其职权,所以应当选择内部审计机构隶属于董事会的方式;进而,为了最大程度的保护中小股东的利益,应该在董事会下设置审计委员会,由独立董事构成的审计委员会具有较强的独立性,从而可以保证内部审计机构对管理层和各职能部门实施有效监督和控制。不论采取哪种方式,最终的目的都是为了保证内部审计职能的发挥和促进公司治理结构的完善。