彩色猕猴桃(Actinidia deliciosa var. coloris)为美味猕猴桃(A. deliciosa var. deliciosa)的红心变种，数量稀少，十分珍贵，是中国特有的种质资源，具有重要的育种价值。本研究采用RAPD技术和SNP技术对五个彩色猕猴桃材料‘红美’，TJ-DA-19，TJ-DA-54，TJ-DA-75和Ckou-DA-18进行遗传分析，并选取三个有代表性的美味猕猴桃品种‘川猕1号’、‘秦美’和‘海沃德’作为参照，研究彩色猕猴桃与美味猕猴桃的遗传差异，以期为合理利用彩色猕猴桃种质资源以及选配杂交育种亲本、选育红色性状稳定的彩色猕猴桃新品种提供理论依据。试验结果如下： (1)从120个随机引物(分别来自A、C、D、H、J、S组)中筛选出扩增效果较好的引物18个。18个引物对8个材料共扩增出242条带，其中具多态性的带有206条，占85.1％。各引物扩增的条带数在5～18条不等，平均每个引物扩增出的条带数为13.4条。聚类分析表明，三个美味猕猴桃品种和五个彩色猕猴桃材料并不是分别聚在一起，而是交叉聚类，说明了彩色猕猴桃和美味猕猴桃遗传关系的复杂性。材料间的平均遗传距离为0.397，‘红美’与TJ-DA-54的遗传关系最近，遗传距离为0.180；‘秦美’与CKou-DA-18遗传关系最远，遗传距离为0.650。本文结合RAPD分析结果与各材料的主要形态指标和原产地进行了讨论。 (2)根据细胞色素C合成酶基因的保守序列设计引物ccb203F：5’-ASG TTCTACGGACCGATGCC-3’和ccb203R：5’-CACGGGGAGGGAGCRGGCGA-3’分别对8个材料的基因组DNA进行了PCR扩增，经克隆测序均为512bp。序列分析表明，在10个位点出现核苷酸多态性，多态性比率为1.95％，8个供试材料共有6种基因型(haplotype)，从细胞质基因水平反应了彩色猕猴桃的遗传多样性。SNP进化聚类图与RAPD分析的结果一致，表明彩色猕猴桃和美味猕猴桃并没有明显分开而是交叉重叠。虽然SNP和RAPD在具体的个体间聚类存在一定的差异如‘红美’和‘海沃德’聚为一组，TJ-DA-75和‘秦美’聚为一组，但SNP和RAPD聚类也具有相似性，即TJ-DA-54、‘川猕1号’和TJ-DA-19聚为一组，而且都表明CKou-DA-18是一特殊类型，因它既没有和彩色猕猴桃聚在一起，也没和美味猕猴桃聚在一起。本文讨论了SNP和RAPD结果出现一定差异的原因。