清代是中国古代的最后一个王朝，康雍乾时期也是中国古代最后一个大发展的时期。在这个专制主义中央集权制度走向顶峰的时代，在这个即将由传统社会向近代社会转型的“前夜”，这一时期的统治者为了控制人民、稳固传统的社会结构，对民间结社做出了严格的限制甚至是禁止，这就迫使结社在民间只能以一种秘密的形式存在。康雍乾时期统治者对秘密结社的治理经历了康熙朝宽仁并举与强调教化到雍正朝的严加查禁与秘密治理再到乾隆朝对秘密结社的从重惩处与修订律例。康熙时期由于政治上正处于调整期，民间秘密结社组织尚处于萌芽状态，因此这一时期政府对待秘密结社的主导思想是宽仁从轻，对结社的限定与控制较为松弛。方式上更是强调思想控制，利用儒家思想对百姓实行教化。到了雍正朝随着统治者的更迭、土地兼并严重和社会矛盾的激化，秘密结社进入了一个发展期。在这样的背景下雍正皇帝对秘密结社在治理思想上转为严禁，方法上更是充分利用秘密访查、秘折上奏等方式以秘治秘、秘密治理力求最大限度的加强社会控制。至乾隆朝更是发展为从重惩处，甚至为此修订大清律例使之对秘密结社的限制达到了康雍乾三朝以来的顶峰。康雍乾时期对秘密结社的治理具有明显的主导思想上的继承性、政策调整的时代性、思想控制的正本清源性、基层组织的监督性。并且一定程度上保护了传统的社会结构和社会秩序的稳定。但最终由于三朝统治者并未从根本上进行治理，没有起到应有的作用，客观上导致了晚清时期秘密结社组织的发展壮大。在传统社会结构的制约下，在统治者对待秘密结社政策的不断调整之下。康雍乾时期的秘密结社却经历了由萌芽到发展再到繁荣的这样一个过程，它既反映了传统政治体制的松动、社会控制弱化的社会现实，更深层次地体现出秘密结社组织是中国古代传统社会结构制约下一种近乎“畸形”的组织结构。它既植根于传统社会之中，又与传统社会相冲突。因此康雍乾对秘密结社的治理既有维护社会稳定，促进经济发展的积极方面，同时由于主观与客观的综合因素导致统治者无法从根本上对其加以治理，最终导致了晚清秘密结社的大爆发。更值得注意的是研究康雍乾时期秘密结社的发展状况和政府对秘密结社治理政策的不断调整可以由此管窥整个清代社会的发展变化。因此考察这一时期统治者对秘密结社的治理政策就具有重要的意义。