随着人类基因组计划的完成,人类获得了大量的原始生物数据,为了更好地分析、挖掘、再利用这些数据,以加快生命科学的发展步伐,越来越多的计算机技术被应用到生物学研究中,从而形成了生物信息学这样一门新型的交叉学科。其中,序列比对是生物信息学最基本的研究手段和方法之一。如何获得比对质量更好、运算时间更短、运算空间更少的序列比对算法和方便易用的比对分析程序是当前生物信息学研究中的一个热点和难点问题。本文首先介绍了序列比对的相关概念和研究方法,详细地描述了什么是双序列比对和多序列比对,研究了动态规划、Smith-Waterman、BLAST、FASTA及渐进比对等经典的双序列比对、多序列比对算法。接着论文提出了一种基于片段对和动态规划的双序列比对算法BSDP算法,在该算法中,递归地在长的子序列区使用字策略来快速寻找匹配程度高的片段对、在短的子序列区使用精确的动态规划算法来比对子序列以实现双序列比对,该算法在一定程度上提高了序列比对的准确性和速度。文章最后一部分针对目前大多数点阵图比对软件都在DOS下运行操作且对于长的序列运算速度不够理想的缺点,尚缺少在windows平台下友好、易用的双序列点阵图分析程序,设计并开发了一个友好、易操作、能快速计算出两序列间点阵关系的比对分析程序DotWin。