社会进步愈加依托于科学技术的进步,随着国家对开展科学技术研究工作的重视程度日益加深,国家在科学技术研究经费方面的投入也逐年呈上升趋势,如何更好地管理和充分利用科研经费,使之创造更大地效益,已成为国家和大学必须考虑的事情。S高等学校是一所综合型研究性高校,拥有良好的师资团队和庞大的办学规模,学校的科研专项众多数额巨大,必须对科研专项预算开展合理监管,但现行标准的科研专项预算业绩评价系统比较简单,因此S高等学校必须搭建一套合适的科研专项绩效评价指标管理系统。文中主要对S高校科研项目开展绩效评价,运用一定的方式,搭建起S高等院校绩效评价指标体系。最先,详细介绍高等院校科研专项绩效评价的有关概念与方式,对于应用平衡计分卡开展高等院校科研专项绩效评价实施调查与研究,明确评价方法;次之,剖析了S高等学校科技资金投入及绩效评价的现况,并明确提出了S高等学校在科技资金投入及绩效评价方面存在的不足,对S高校科研专项绩效评价出示了参照;再度,选用平衡计分卡原理,创建起S高校科研专项绩效评价的指标值系统,选择了19个二级指标值,紧紧围绕财务、顾客、内部业务流程、学习成长层面,对二级评定方法开展剖析,应用层次分析法,选用权威专家调查问卷方式,来明确每一个层级的指标值权重,并对权重的一致性开展查验;最终,运用创建的科研专项绩效评价体系对S高等院校自主创新工程项目开展绩效评价,剖析现有的不足并明确提出了相对处理防范措施。本文的创新点在于深入剖析了高等学校科研专项绩效评价管理理论,根据S高校科创工程项目自身状况,明确指出基于平衡计分卡基础理论的高校科研专项绩效评价指标值系统,利用对相关领域专家发放问卷调查的方法,明确出绩效评价指标的重要性水平,使用层次分析法,对各指标进行加权。通过使用该绩效评价体系对S高等学校创新工程项目进行绩效评价,找出S高等学校科研项目绩效存在的问题,并提出合理化的解决方案和建议。