中国上市公司的股本结构中，沉淀了大量的非流通国有股权，这一现象已经引致了公司治理结构扭曲及资源配置非优化等巨大负面效应，导致这一现象的主要原因，在于经济转轨时期成立的中国证券市场所存在的制度风险。经过十余年的积累，这种政府主导型制度安排与证券市场内在发展规律之间的矛盾已越来越不相容。证券市场制度变革已严重落后于中国经济体制市场化改革的步伐，成为制约国民经济增长潜力发挥的重要因素；从证券市场的微观结构影响分析，制度风险的存在和增强不利于上市公司治理结构的优化，也不利于打破博弈参与各方基于制度缺陷的心理预期。因此在加入WTO、逐渐扩大资本市场对外开放的历史机遇和挑战面前，研究并妥善化解制度风险成为了中国现阶段证券市场深度市场化改革的关键一环。 全文内容共分四个部分。第一部分提出中国证券市场制度风险的内涵、分类、表现形式和成因，第二部分和第三部分着重对中国证券市场制度风险作了较为详细的分析，分别从中国证券市场制度风险的内生性和外生性两方面来阐述制度风险对宏观经济和证券市场微观结构的影响。第四部分指出了治理中国证券市场制度风险的紧迫性，并提出了解决中国证券市场制度风险的治理对策。