科技论文评价是科技评价的重要内容之一。目前，许多单位在进行科研绩效考核时，主要根据期刊影响因子评价论文，但实际上，用期刊影响因子评价论文时会出现高估或低估等现象，使对论文评估失真。为了探求产生这种现象的原因，本文从期刊影响因子与论文被引频次这两个最重要的文献计量指标入手，分析了期刊影响因子、论文被引频次以及二者间的关系。首先探究了期刊影响因子的产生、概念及计算方法，归纳了引文动机、引文习惯、期刊编辑加工、统计年限、统计源刊库、学科性质、期刊性质等多种影响“影响因子”的因素，比较了国内外许多学者关于影响因子的修正方法。通过论文之间相互引证构成引文网络，展望了引文分析尤其是同被引分析在科技评估领域内的应用前景。接着以某科研院所为实例，研究了期刊影响因子与论文被引频次之间的关系，研究结果表明，期刊影响因子主要是对论文形式价值的反映，论文被引频次主要是对论文学术价值的反映，论文的学术价值由其内容决定。在宏观层面上，期刊影响因子与论文被引频次的论文评价结果一致，即用期刊影响因子替代对论文本身的评价相对合理，但在微观层面上，二者的论文评价结果不完全一致。总体看来，期刊影响因子与论文被引频次在科技论文评价中的作用呈互补关系。最后分析了当前论文评价导向，认为其实质注重的是论文的形式价值，并以某科研院所为例说明了当前论文评价导向的不完善性。提出了对论文评价的建议：即将影响因子作为论文评价指标的有效性定为2年；论文发表2年后的评价应以被引频次为主要指标；全面评价论文要综合运用期刊影响因子与论文被引频次这两个指标，既根据论文发表期刊的质量，也关注论文的被引频次和被引期刊，得出定量的评估结果，做为同行评议等定性论文评价方法的有力补充。