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哺乳动物有两个鲜明的特征，一是蛋白质中大量出现的内部重复片段(IRS)，二是基因组含有大量的反转录假基因。比较源功能基因和它产生的反转录假基因所对应的蛋白质内部重复片段，可以研究IRS在突变和进化中的规律。我们分析了人和小鼠反转录假基因的假定蛋白质中的内部重复片段。我们发现，和反转录假基因的假定蛋白质序列相比，产生这些假基因的源功能基因所编码的蛋白质IRS的比例要多-30％。这证明了蛋白质在进化过程中有力的保持了IRS。而且，我们的随机模拟分析表明，反转录假基因积累的突变不完全是随机的或者不受任何选择压力：它在突变中丢失的IRS要少于随机突变所丢失的IRS,同时，对于简单重复序列(SSR)在IRS中的比例，在随机突变中是很容易下降的，而反转录假基因却和源功能基因相当。此外，我们也以“四肽矩阵作图”的方法比较了蛋白质组和可产生反转录假基因的功能基因在IRS的四肽分布模式上的区别，结果显示前者有简单重复序列(SSR)的聚集现象，而后者没有。