高校作为国家科研产出的重要场所，担负着提高民族科研能力的重任。各类高校在财政拨款、科研拨款等方面都获得了越来越多的支持，尤其国家进入十一五、十二五规划期间，对于自主创新能力提出了越来越高的要求。为此，对于高校科研产出的研究越来越被社会各界重点关注。国家财政拨款以及高校自身的各类收入情况对于高校科研产出的影响也开始受到人们的关注。对现行的财政拨款和学校自身收入具体情况下，能够产生什么样的科研产出状况的研究，具有较强的现实意义。　　本文以此为出发点，通过对教育部部属76所院校2003-2010年的收支数据和基本情况的横截面数据的分析研究，选取论文发表数作为院校科研产出的主要指标进行研究，研究表明:　　院校的本年度的专项拨款以及前两年的专项经费拨款对本年度的科研产出具有显著的促进作用;本年的科研事业收入对本年的科研产出具有消减的影响，四年前的科研事业收入对本年的科研产出具有极大的显著促进作用;而国家针对院校科研工作进行投入的科研拨款，本年拨款对本年科研产出的影响不显著，六年前的科研经费拨款对本年的科研产出具有显著的消减影响。　　通过以上的研究结果，本研究认为，当前在高等学校中，倾向于目标管理的横向科研经费以及专项经费拨款更能促进院校的科研产出。过程管理较多的纵向科研拨款对院校的科研产出没有显著的促进作用。国家以及院校自身应适当的改变科研经费的管理方式，在纵向经费的管理上，应给予课题组或项目负责人以足够的自由度和灵活性，在原则允许的情况下，尽量减少通过经费限制科研工作的现象，以提高纵向科研拨款的使用效率。在横向科研经费的管理上，院校应多鼓励学校老师进行横向课题的争取，并在经费管理和使用上，给予课题申请人足够的空间。　　院校的层次对院校的科研产出具有显著的影响。985工程对院校的科研产出具有明显的促进作用。相对于211院校，985院校具有更多的科研产出。　　院校的类型对院校科研产出并无显著影响。