目的:探讨脑脊液二代测序技术诊断中枢神经系统病毒感染的临床价值。方法:回顾性收集2017年8月～2019年5月河北医科大学第二医院送检脑脊液二代测序检出病毒序列44例患者的临床资料,包括患者基本信息、现病史、既往史、送检时间、实验室检查、影像学检查、腰椎穿刺结果、治疗方案、转归等,分析在中枢神经系统病毒感染中脑脊液二代测序技术与传统临床诊断的一致性。结果:2017年8月至2019年5月河北医科大学第二医院送检脑脊液二代测序检出病毒序列者共44人,男性占29例,女性占15例,男女比例1.93:1,年龄范围为15-85岁,年龄中位数为46岁。44例中检出病毒种类主要为人类疱疹病毒,其中检出排名前五位的病毒依次为:EB病毒、水痘带状疱疹病毒、人类a疱疹病毒1型、巨细胞病毒和人类疱疹病毒6A。44例患者中,诊断相一致组中占18例,脑脊液二代测序技术与临床诊断的一致性为40.9%。18例患者临床表现多样,但以大脑半球受累及脑膜刺激症状为主,主要表现为:头痛12例(66.7%),发热12例(66.7%),意识不清2例(11.1%),头晕3例(16.7%),恶心呕吐2例(11.1%),癫痫发作1例(5.5%);也可出现精神症状4例(22.2%),包括胡言乱语2例,烦躁2例;还可表现为小脑受累症状,如行走不稳1例(5.5%)。诊断不一致组26例中,其中最终临床确诊结核性脑膜炎10例,隐球菌脑膜炎4例,自身免疫性脑炎2例,化脓性脑膜炎3例,流行性乙型脑炎1例,视神经脊髓炎谱系疾病1例,神经性布氏杆菌病1例,神经元核内包涵体病1例,脑梗死1例,癫痫1例,周围神经病1例。结论:1.病毒性脑炎多见于中年人,男性多于女性,临床表现以大脑半球受累及脑膜刺激症状为主主要表现为头痛、发热。2.传统诊断方法如腰椎穿刺、脑脊液细胞学、PCR等在临床病毒性脑炎的诊断中仍然发挥着重要作用。3.脑脊液二代测序具有协助临床明确病原体,发现新病原体,获得更多病原体信息等优势。4.脑脊液二代测序灵敏性及特异性可能仍有待进一步提高,其报告解读有待进一步优化。5.脑脊液二代测序结果病毒特意序列数越高,其置信度可能越高,必要时可行PCR、Sanger测序等方法进一步验证。