本研究以绿狒狒(Papio anubis)为例,在上海动物园制做了发酵床来替代传统的硬质地面。2月中旬至3月下旬,我们监测了发酵床、笼舍和外部游客通道等处的环境温度变化、动物对发酵床的利用、采用16S rDNA扩增子技术分析发酵床中4个不同深度的微生物群落和使用宏基因组测序技术分析发酵床笼舍与普通笼舍地面微生物及其所饲养绿狒狒肠道微生物,综合评估发酵床对绿狒狒的影响。结果显示,绿狒狒从行为、消化机能(基于粪便的判断)、精神状态等方面始终保持正常的状态。发酵床经历一个高温发酵期后,逐渐进入稳定期。绿狒狒改变以往挤在取暖设备附近的行为,大部分时间都在发酵床上活动,翻动发酵床寻找并采食里面滋生的各种甲虫和蠕虫。发酵床垫料表层的细菌群落结构最为复杂,OTU数量、Chaol指数和Shannon指数都高于其他3个深度。在绿狒狒挖掘最大深度范围内,共检测到13个属的有益菌,总相对丰度为42.26%;潜在致病菌有4个属,总相对丰度为11.08%。发酵床笼舍和普通笼舍比较分析结果显示:普通笼舍地面微生物在以致病菌为主的金黄杆菌属(Chryseobacterium)的相对丰度显著高于发酵床笼舍,因此发酵床笼舍比普通笼舍更不易造成致病菌的积累。在属水平上,普通笼舍组在以致病菌为主的密螺旋体属(Treponema)和颤杆菌克属(Oscilibacter)的相对丰度显著高于发酵床笼舍组,因此,发酵床笼舍饲养的绿狒狒更不易患菌群失调而导致的疾病。基于KEGG代谢通路,发酵床笼舍组绿狒狒肠道菌群在能量代谢、氨基酸代谢和肽聚糖生物合成方面的功能基因高于普通笼舍组,推测与绿狒狒活跃行为提高有关,微生物除了为机体供能外,也帮助它们抵御一些疾病的发生。基于CAZy数据库,木聚糖水解酶和果胶酶的高分布,提高了发酵床笼舍组绿狒狒对饲料的吸收效果;其次,CBM50、GH73和GH25家族的高分布保护发酵床笼舍组绿狒狒免受病原菌侵害,同时促进了抗病力的提高。综上所述,发酵床养殖模式通过益生菌繁殖的占位优势抑制了病原菌的繁殖和传播,利用益生菌发酵产生的高温提高笼舍的地面温度,并调节绿狒狒肠道健康,提高机体免疫力。