近年来，我国司法机关不断加强了对侵犯知识产权犯罪活动的打击力度，但刑事司法实践中，尤其对被害人法律保护的制度方面，仍有些问题亟待得到重视和解决。本文以知识产权刑事案件中被害人的权利保障为切入点，探讨法制框架与司法实践中存在的问题和完善对策。通过与传统意义上刑事案件的被害人进行对比，本文认为，知识产权刑事案件中被害人具有较大的特殊性，这些特殊性决定了刑事法律应当给予其以特殊的保护。通过对某地区15年来受理的知识产权刑事案件的分析，可以发现第一，从保护措施的覆盖面来看，侵犯知识产权的案件进入刑事程序的比例很小；第二，从保护客体的广度来看，进入刑事程序的知识产权案件仅侧重侵犯专业性相对较弱的注册商标权范畴；第三，从被害人的参与度来看，知识产权刑事案件的被害人在审查起诉阶段和审判阶段的参与程度非常之低。针对上述问题，本文拟从实体法和程序法双重角度对被害人权益的保护作了制度设计以及法制完善。其中，实体法的完善系以扩大知识产权形式保护的范畴为宗旨；而在程序法的完善中，主要以强化知识产权刑事保护的执法力量为目的。具体体现在，第一，案件进入审查起诉阶段前：重点为增强打击合力。第二，审查起诉阶段中：重点为保障被害人的诉讼参与权。第三，案件提起公诉后：重点为加强教育和宣传。