自主创新问题是关系我国创新型国家建设、经济增长方式转变和经济可持续发展的重要问题。在我国这样以政府为主导自上而下的改革过程中,政府对技术进步推动作用的效果明显不足,企业主体的积极性难以有效发挥,说明我国的创新过程仍然存在着制度性或结构性障碍,需要重新挖掘我国现阶段社会的技术进步的内在机理,切实解决创新激励不足、研发体系不完整、科技推广欠缺的问题,从而切实实现我国自主创新能力的整体提升。技术进步内生于社会分工。市场规模引致分工的深化,分工的深化又引致市场规模的扩大,演进是累积的并以累进的方式自我繁殖。在劳动分工与市场规模之间的循环演进过程中,分工的深化使得迂回生产出现,机器被发明和采用,技术得到进步；而市场规模的扩张既要求要素投入的增加,也通过深化分工进一步促进了技术的发展,从而最终使得经济增长。但是如果将创新活动从生产活动中分离出来,作为一种独立的经济活动来分析,那么,就会发现在分工演进的过程中,基于生产活动的分工发展同技术创新对分工组织形式的需要产生了背离,由于技术创新过程中知识交易的成本远远高于其他经济资源,,因此,技术创新的最优化分工水平随着分工的演进会越来越低于生产活动的最优化分工水平,对于技术创新而言,出现了过度分工。企业的经营活动始终是以其利润最大化为目标的,企业任何资源配置过程包括创新决策过程都要服务于这个目标。当创新活动能够带来单位成本的降低时,企业的经济目标与创新目标趋于一致,企业创新动力增强,创新活动出现；而当创新活动对成本影响不明显甚至由于创新的不确定性可能带来成本增加和利润减少时,企业的经济目标和创新目标分离,创新活动动力不足,创新活动停滞。企业自筹资金进行技术研发活动,将倾向于选择风险小、投资低、收益大的创新项目,创新活动对于企业利率增长的贡献率将逐步降低；突破性创新只有当企业规模、实力不断增大,可以负担创新的高风险成本时才会出现；企业创新活动的不断进行,也使得创新难度越来越大,创新失败的风险增大,当企业预期利润增长率达到最大时,创新风险也随之达到最大,此时创新活动单纯依靠以利润为动力的企业无法得到实现,创新受到分工极限的约束。以技术结构分析为视角,共性技术属于单一技术供给；专有技术嵌套于共性技术之中,属于复合技术供给。基于结构分析的技术供给模型显示自主创新结构是共性技术供给和专有技术供给在不同层次结合的体现。只有共性技术与专有技术之间的内在层次在国内实现结合时,原创性创新才能持续,创新能力才能得到真正提升。基于社会分工、市场约束以及技术结构本身的约束,结构化创新的概念被提出,它是指创新活动具有结构化的特征,具体表现在创新活动是一个受到分工极限影响的社会过程,是一个复杂的投入产出过程,也是一个遵循技术增长曲线规律的协同演进过程。结构化创新过程要求创新活动从创新动力、创新组织和创新结构等方面都要符合结构化的系统的要求,从而针对性地解决创新活动的制度化障碍。自主创新能力的提升首先需要转变经济增长与技术进步的一致性思维,从培养增长极向培育创新极转变；通过建立区域创新体系,缩小区域内创新资源差异过大的趋势,可以尽量降低分工极限对于创新的制约作用；通过市场方式使企业做大做强,能够以提升企业能力的方式,强化企业创新的动力；科技体制的市场化改革在解决效率的同时,忽视了技术结构对于创新活动的内在要求,从而通过政府支持推进共性技术研发体系建设成为结构化创新的重要途径。