专利确权程序和专利侵权诉讼程序在我国专利制度中占有极大的比重,二者关系非常密切。专利侵权纠纷的诉讼程序中,由于一方当事人向国家知识产权局专利局复审和无效审理部提起专利无效,使涉案专利进入专利确权程序而导致专利侵权纠纷诉讼程序的中止。这种情况不但会造成涉案专利权长期处于不稳定的状态,也会使专利侵权诉讼长期拖沓不决。并且在专利确权程序中,甚至会出现无效决定被法院判决撤销后,专利行政确权机关针对同一无效请求再次作出无效决定,当事人针对新的决定再次起诉至法院的情况。诉讼时间冗长使当事人在专利的侵权维权方面耗费的时间等成本过高,极大的损害了当事人的合法权益和社会的公共利益。并且专利确权程序中存在着当事人诉讼地位错位的现象,使本因处于第三人地位的专利局复审和无效审理部处于被告地位,增加了专利局复审和无效审理部的工作量。本文介绍了专利诉讼时间冗长和诉讼循环问题的产生,并从专利权利本身、专利制度发展、程序设置和制度模式这四个方面进行了分析。在借鉴了美国和日本的专利法律制度和该制度在司法中的实际运用情况的基础上,结合我国当前国情对专利确权程序与专利侵权诉讼程序问题解决的现状进行探讨。研究认为我国可从以下三个方面对于当前程序进行优化:在行政司法程序方面,提出了改变专利局复审和无效审理部诉讼地位的方式以缩短行政司法程序的审理时间。在专利侵权诉讼纠纷方面,提出了加强法官与专利局复审和无效审理部的业务学习的构想,以达到审判尺度的统一。并且在考虑了案件量和地理位置的前提下增设知识产权法院,集中处理专利案件的构想。最后,提出了在完善知识产权法院审理专利案件专业化的基础上,赋予知识产权法院判断专利权有效性的权力。以期可以通过本文的研究能够解决专利确权与专利侵权诉讼交叉导师的问题,在保证行政与司法独立的前提下维护当事人的合法权益。