目的了解重庆儿童急性病毒性呼吸道感染疾病的病原谱构成,以及部分常见呼吸道病毒和新发现呼吸道病毒的流行情况和基因特征,从而为重庆乃至其它地区的儿童急性病毒性呼吸道感染的防控提供基础资料和科学依据。内容1.研究2012年6月到2014年5月两年间重庆地区呼吸道感染患儿各种呼吸道病毒阳性检出率、复合感染率、时间分布特征、年龄和性别分布情况、与呼吸道疾病的关系,以及住院患儿的临床症状;2.研究2012年6月到2014年5月两年间重庆地区呼吸道感染患儿鼻病毒的感染情况,并对鼻病毒阳性检出病例进行基因分型,研究每种型别的阳性检出率、复合感染率、时间分布特征、年龄和性别分布情况、临床症状以及鼻病毒C型的基因特征。3.研究2012年6月到2014年5月两年间重庆地区呼吸道感染儿童中WU多瘤病毒和KI多瘤病毒感染情况,从而对其进行流行病学研究和基因特征分析。对象研究标本来自重庆医科大学附属儿童医院,时间为2012年6月到2014年5月,病例定义为具备急性感染表现和呼吸道临床表现的住院儿童,所采集的样本为鼻咽抽吸物。方法对于符合病例定义的患儿,采集其鼻咽抽吸物标本,采用核酸提取、逆转录、PCR、荧光定量PCR等方法对常见和新发现的呼吸道病毒,包括RSV、IFV、PIV、HAd V、HBo V、MPV、HEV/HRV、HCo V、WUPy V、KIPy V和SAFV进行检测和基因分型,并对部分病毒进行PCR扩增和测序获得其基因序列。采用相应的统计分析方法和基因序列分析方法对各病毒进行流行病学研究和基因特征分析。结果1.呼吸道病毒感染监测情况本研究共收集2012年6月至2014年5月因急性呼吸道感染而住院的儿童病例994份,呼吸道病毒阳性检出率为76.46%。阳性检出率最高的呼吸道病毒是RSV(295,29.68%),其余依次为PIV(260,26.16%)、HEV/HRV(187,18.81%)、IFV(110,11.07%)、WUPy V(107,10.76%)、HBo V(79,7.95%)、HAd V(39,3.92%)、MPV(29,2.92%)、HCo V(15,1.51%)、KIPy V(9,0.91%)和SAFV(6,0.60%)。病毒之间的复合感染率普遍较高,在46.15%~80.00%之间。RSV、IFV和WUPy V的季节性特征较明显。其中RSV的检出主要集中在秋冬季,而IFV和WUPy V的检出在春夏季较多。HEV/HRV全年检出率均较高。HEV/HRV和HBo V在男性患儿中的检出率显著高于女性患儿。大多数病毒在儿童中的检出率随着年龄的增大而降低,但IFV-A在2-5岁年龄组患儿的检出率最高。咳嗽是ARTI患儿最主要的症状,其它主要症状依次为咳痰、发热、腹泻、呼吸困难和流涕。在ARTI患儿主要的四种诊断结果中,呼吸道病毒阳性检出率由高到低依次为支气管炎、哮喘、肺炎和上呼吸道感染。PIV、RSV和IFV为支气管炎患儿所感染病毒病原前三位;哮喘、肺炎和上呼吸道感染的患病儿童所感染的病毒病原前三位均为RSV、PIV和HEV/HRV。2.鼻病毒本研究中共检出HRV阳性107份,检出率为10.76%,其中A型63例,B型8例,C型36例;相比于HRV-A和HRV-B,HRV-C引起较多的咳痰;三种型别之间诊断为重症肺炎的差异具有统计学意义(P<0.05)。三种型别均具有较高复合感染率,(44.44%~62.5%),RSV-B、PIV3和WUPy V是HRV-A和HRV-C复合感染率最高的三种病毒。HRV-C在重庆地区流行的亚型众多,分布较为分散,排在前两位的为C6和C38(各4株),另外有18个亚型均有检出,2009~2012年为重庆地区优势流行株的HRV-C2,在本次研究中并未检出;2009~2012年在重庆检出的被暂时命名为新亚型的CQ4290,在本次研究中检出3条序列与其基因相似度在92.15%-96.71%之间,提示这一新亚型可能已在重庆地区较为流行。3.WU多瘤病毒和KI多瘤病毒本次研究中,WUPy V的阳性检出率为10.76%,在本研究所检测的全部呼吸道病毒中位列第五。WUPy V感染多发生于春季(57,23.27%)和夏季(34,13.71%),秋冬季节较少,四季分布的差异具有统计学意义(P<0.001);在2012年6-8月WUPy V检出率出现小高峰,而在2013年4-6月检出率显著增高,达到顶峰(72.97%),提示这一时间可能出现过WUPy V感染的暴发。在107份WUPy V阳性样本中,WUPy V单一感染病例为29(27.10%)例,与其它病毒复合感染78(72.90%)例,PIV3是与WUPy V复合感染例数最多的病毒,为28例。29例WUPy V单独感染病例中,5例诊断为上呼吸道感染,哮喘和支气管炎各2例,26例被诊断为肺炎,其中5例为重症肺炎。KI多瘤病毒共检出9例阳性,检出率为0.91%;9份阳性病例中,KIPy V单一感染2例,与其它病毒复合感染7例,其中与WUPy V和HEV/HRV分别有4例复合感染。2例单一感染病例的诊断结果分别为肺炎和支气管炎。本研究获得WUPy V的VP2基因序列84条,系统发育分析表明84条序列共形成七个进化分支;获得KIPy V的VP1基因序列8条,与各地的基因序列比较,仅兰州株与本研究获得序列有一个碱基的不同;两种病毒基因序列与国内外序列差异较小,相似度均在95%以上。结论1.各种呼吸道病毒感染的流行特征(1)呼吸道常见病毒是引起重庆地区儿童急性呼吸道感染的主要病原体。主要的呼吸道病毒检出率排序前五位依次为RSV、PIV、HEV/HRV、IFV和WUPy V;(2)RSV-B成为重庆地区RSV流行的主导型别,RSV的A型和B型可能在当地呈现两年为周期的交替流行;(3)WUPy V在2013年4-6月检出率明显增高,提示在这一时间段可能出现过WUPy V的暴发。2.鼻病毒(1)HRV是重要的上呼吸道感染的病原体,以A型和C型为主,近年来新发现的呼吸道病毒WUPy V排在HRV复合感染病毒的前列;(2)HRV-C在重庆地区的亚型分布较为分散,C6和C38亚型最多,这两年与2009-2012年的优势流行株有所变化,本次研究检出了2009-2012年重庆样本中定义的新亚型。3.WU多瘤病毒和KI多瘤病毒(1)WUPy V在重庆地区检出率较高,为10.76%;KIPy V检出率为0.91%。荧光定量PCR方法检测WUPy V与KIPy V灵敏性可能高于常规PCR方法;(2)单独感染WUPy V和KIPy V的病例诊断结果包括肺炎、支气管炎、上呼吸道感染甚至重症肺炎,提示WUPy V和KIPy V可能是引起儿童呼吸道感染的病原体;(3)本研究获得的WUPy V和KIPy V基因序列与国内外序列均具有较高的相似度,本地区WUPy V和KIPy V的基因均较为稳定和保守。