《刑法修正案(九)》对贪污贿赂犯罪中最常用的三个罪名—贪污、受贿和行贿罪均作了重要修改。修改后,犯罪数额仍是贪污、受贿罪中定罪量刑的基本要素并对出罪起决定作用,当数额与情节交织时,若数额在情节标准与一般标准之间,其中部分数额符合加重情形,全案入罪;数额在较大标准的一半以上,其中部分数额符合法定加重情形,此时应遵循比例原则确定全案是否认定为具有“其他严重情节”而量刑升格。罚金刑在适用时,应当与主刑刑期脱钩,禁止通过提高罚金刑的方式减少主刑刑期,以防止花钱买刑。由于免予刑事处罚将面临既无自由刑也无罚金刑的双重优惠,为防止滥用,应当在省级层面统一适用标准,并严格核准。贪污罪特定情节中的特定款物范围,应当随着实践的发展而不断予以列举式扩展;受贿罪特定情节中,对多次索贿不应作时间上的限制,对损失的认定应当与渎职犯罪中损失的认定类比适用,对为他人谋取职务调整应作实质理解,处罚对象应限于基于不正当利益的正向调整;贪污、受贿罪共用情节中,党纪、行政处分前的贪贿行为不能适用,故意犯罪的范围不限于贪污、受贿犯罪,非法活动的界定应以刑法为依据,由于恶劣影响和严重后果概念的模糊性,应当坚持兜底条款限制解释的基本立场,对其慎用、少用;在从宽情节中,适用的时间节点应严格限制在提起公诉前,认罪悔罪的认定以犯罪嫌疑人自己的态度为准,不受辩护人辩护意见的影响。《刑法修正案(九)》施行后行贿罪的溯及力应当坚持从旧兼从轻的基本原则,整体适用司法解释,原则上在判处主刑的同时,对被告人附加适用罚金刑,但也应尊重被告人对于新、旧刑法适用的选择权。严格对贪贿犯罪行为人违法所得及其收益的追缴、没收,有利于消弭该类案件罚金刑的局限性和免予刑事处罚宽严皆失的消极后果,其适用范围不限于属于犯罪嫌疑人、被告人逃匿、死亡案件违法所得没收程序的案件,对在案行为人以及因追诉时效等法定原因不予追究刑事责任的行为人均应一体适用,违法所得收益获取方法的合法性与否不阻却对该收益的追缴。