深入理解药物分子和核酸碱基间的相互作用机制对合理设计研发新型高效药物有重要意义。本文运用密度泛函理论B3LYP方法对药物小分子槲皮素与核酸碱基的五种分子A、C、G、T、U的氢键相互作用位点进行了研究。在B3LYP/6-31G(d)理论水平上优化得到了稳定的氢键复合物，用B3LYP/6-311++G(3df,2p)(BSSE)方法计算了这些复合物的结合能。计算结果表明，槲皮素可以使用5个不同结合位点与尿嘧啶或胸腺嘧啶形成氢键复合物，尿嘧啶或胸腺嘧啶可以使用3个不同的结合位点与槲皮素形成氢键复合物。当槲皮素的结合位点固定时，槲皮素与尿嘧啶的位点u1或胸腺嘧啶的位点t1形成的氢键作用最强，与位点u2或位点t2形成氢键强度最弱；当尿嘧啶或胸腺嘧啶的作用位点固定时，二者与槲皮素的位点qu1形成氢键作用最强，与位点qu5作用强度次之，与位点qu3的作用强度最弱。槲皮素与腺嘌呤形成15种氢键复合物，当槲皮素的结合位点固定时，槲皮素与腺嘌呤五元环上的N-H比六元环侧链上的N-H形成的氢键的能力强，腺嘌呤六元环上N的孤对电子比五元环上N的孤对电子形成氢键能力强，槲皮素与腺嘌呤位点a1形成氢键能力最强。当槲皮素与胞嘧啶或鸟嘌呤结合时有几个位点作用很强。AIM和NBO计算结果表明轨道作用在氢键中起重要作用。