生物多样性为人类提供了生存的保障,是人类文明发展的重要物质前提,目前却面临着前所未有的风险和挑战。作为保护生物多样性的基石,保护地有效减少了人类活动对野生动、植物的干扰,在一定程度上维持了生态系统的完整性。然而,有限的保护资源无法顾及所有保护地,大多数保护地存在建设资金短缺、基础设施落后、专业管理人员不足等问题;同时由于建立初期缺乏系统性规划,保护地体系的综合保护效率不甚理想。自然保护区是中国保护地体系的重要组成部分,合理评估已建保护区的保护优先性能够改善资源配置效率,促进保护地体系的可持续发展。因此,构建科学有效且易于执行的自然保护区保护优先性评估方法至关重要。本论文以云南省为例,选取具有代表性的自然保护区作为研究对象,从物种多样性与生态系统多样性层次评估已建自然保护区的保护优先性。在物种多样性层次上,通过运用自然保护区物种多样性保护价值评估方法（又称作个体打分法）、基于物种数量的互补性算法以及结合前两种方法新提出的基于物种保护价值的互补性算法,得到三组自然保护区保护优先性序列,继而比较不同评估结果的保护效率并得出自然保护区物种多样性层次的保护优先性。在生态系统多样性层次,以自然保护区内生态系统空间分布数据为基础,结合前人评估出的优先生态系统类型,运行ZONATION系统保护规划模型,进而量化模型结果得出自然保护区生态系统层次的保护优先性。最后,通过保护效率对比分析得出云南省自然保护区综合保护优先性,提出云南省自然保护区资源配置策略和建议。主要结论如下:（1）国家级自然保护区的物种层次保护优先性高于省级,部分省级自然保护区的保护优先性较高,如铜壁关、驮娘江、菜阳河、玉龙雪山和澜沧江省级自然保护区排名较为靠前,应考虑对其加大保护资源的投入并晋升为国家级。基于物种保护价值的互补性算法的平均物种保护价值保护效率比个体打分法、基于物种数量的互补性算法分别高出1.83%、3.37%。表明以保护价值作为确定保护优先性的主要依据时,基于物种保护价值的互补性算法得出的保护优先性序列使物种保护价值的保护效率最大化,对于保护规划决策者和保护区管理人员来说,基于物种保护价值的互补性算法是十分有效且容易掌握的保护优先性评估方法。（2）国家级自然保护区生态系统层次的保护优先性优于省级自然保护区,保护优先性为一级的保护区主要分布在独龙江高黎贡山、中甸德钦高山峡谷和滇西中低山热带生物地理区内;位于滇南热带低山河谷、滇中高原亚热带和滇西横断山脉生物地理区内的自然保护区的生态系统也具有较高的保护优先性,其中珠江源、澜沧江和兰坪云岭省级自然保护区应考虑晋升。少数野生生物类型国家级自然保护区的生态系统保护优先性较弱,如长江上游珍稀特有鱼类国家级自然保护区和会泽黑颈鹤国家级自然保护区,排名靠后。在今后的管理和保护过程中,应该更好的建设和维持其内部生态系统的完整性。（3）综合物种和生态系统层次的自然保护区保护优先性结果来看,二者均在一定程度上提升了保护地体系的保护效率。两组优先性序列存在一定的相关性,但也有差异。针对两种相关性高的保护区,应考虑集成物种和生态系统保护价值来指导制定保护策略;相关性低的保护区,可根据其主要保护对象的类型的保护价值来确定保护优先性。总之,本研究基于物种和生态系统评估保护地优先性的方法都以实现保护区网络保护效率最优化为目的,我们倡导保护区管理机构之间加强合作,建立保护资源的利用的互补机制,减少保护行动产生的冗余。本研究为如何提升保护地体系的保护效率提供了新的思路,也为省域范围内的保护地体系资源配置及保护策略调整提供了科学参考。