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本研究对HIV-1gag、env和pol基因的序列变异特征进行分析,以了解研究人群的HIV-1亚型流行,gag、env和pol基因准种变异,gag基因抗原表位变异,env基因序列变异和pol基因耐药性突变等情况,进一步探索HIV-1的gag、env和pol基因变异特征,为HIV-1基因变异与流行和艾滋病疾病进展基础研究提供参考数据。本研究采集60份山西省某县经过抗病毒治疗的既往献血者的HIV-1阳性全血样本,主要研究gag基因的p17-p24、env基因的V3～V5和pol基因的PR-RT区段。使用巢式PCR成功扩增并测序获得45份gag、39份env和47份pol基因PCR序列。将巢式PCR纯化产物连接T载体构建重组克隆,随机挑取阳性克隆进行菌落PCR鉴定并测序。获得相应样本的克隆序列：gag基因为827份、env基因为798份、pol基因为812份。通过对45份gag基因PCR序列的系统进化树进行分析,发现除1份与07BC重组型参考株聚集以外,其他均与B.FR.HXB2、B.CN.RL42和B.TH.92TH014C_g等参考株聚集；再经过计算基因离散率和基因同源性,发现结果与进化树分析一致,说明本研究样本人群HIV-1感染亚型主要为B’亚型。分别计算各样本gag、env和pol基因克隆序列的基因离散率和熵值,并使用SPSS13.0软件进行统计学分析,发现这三段基因片段的准种变异程度各不相同。对三段基因均成功扩增的29份样本进行分析,发现同一样本内三段基因的准种变异有显著性差异(P=0.02；P=0.033)。再对两两基因进行比较,结果显示env和gag、pol之间准种变异存在显著性差异,gag和pol之间准种变异无显著性差异。通过计算ds/dn对选择压力进行分析,结果表明gag、pol基因均受到负向选择压力；env基因V3区主要受到正向选择压力,说明V3区受到为逃避中和抗体识别而驱动的选择压力。根据已发现的我国常见HLAI类基因分布类型和已发表的HIV-1CTL抗原表位,我们选取了8个CTL抗原表位对本研究中gag基因抗原表位变异情况进行分析。发现共有4个表位发生突变,其中p17区段的3个表位中有8个突变位点,p24区段的1个表位中有1个突变位点,同时在克隆序列中发现p24区抗原表位的少数突变。结果说明p24区的抗原表位比p17区保守,并在准种中存在着p24区抗原表位的少数变异。本研究中主要发现6种V3环顶端四肽形式：GPGR、GPGQ、GQGR、GPGA、 GLGR和GPGK,另外在克隆中发现4种低频率的四肽形式：GPGL、GPGG、RPGR和GPAR,说明V3环顶端四肽形式在准种中变异不大,提示我们该样本地区经过10多年的HIV-1流行,V3环顶端四肽形式比较稳定。使用网上工具Geno2pheno [co-receptor]对39份env基因PCR序列辅助受体使用情况进行预测,预测结果显示使用CCR5辅助受体为27份(69.23%),使用CXCR4辅助受体为12份(30.77%)。根据预测结果将env基因序列分为CCR5和CXCR4两组,对env基因N-糖基化位点进行分析,发现两组间有9个位点分布存在显著性差异：在R5组中N300位显著高于X4组,说明这个位点可能是R5毒株的特征性糖基化位点；R5组中显著高于X4组的位点有位于V4区的386、396、398和V5区的460、461位；X4组显著高于R5组的有位于C3区的362和V4区的398、413位。结果显示本研究中R5毒株和X4毒株的N-糖基化模式存在差异。另外,env基因中N-糖基化位点均有不同程度的丢失,其中与中和抗体2G12表位识别有关的位点丢失率均不高：N295(17.95%)、N332(2.56%)和N392(2.56%),说明该中和表位较为保守通过使用斯坦福大学HIV耐药数据库对pol基因序列进行耐药性分析,发现PIs耐药性突变位点28个,其中在克隆序列中发现主要耐药性突变位点4个：N88D、L76V、N88S和150V；发现6份PCR序列表现出对1种或多种RTIs具有耐药性,并在31份(含前6份)样本的克隆序列中均发现RTIs耐药性突变。只在克隆序列中发现的PIs.NRTIs.NNRTIs耐药性突变位点,分别占其总数的89.29%、72.72%和50.00%,并且它们的发生频率均较低：PIs耐药性突变率在0.12～6.47%之间；NRTIs耐药性突变率在0.12～0.47%之间；NNRTIs耐药性突变率在0.12-1.86%之间。本研究中出现频率最高的NRTIs耐药性突变为M41L(1.98%)、T215Y(1.98%)、M184V(1.63%)和L210W(1.16%); NNRTIs耐药性突变为V179E(3.61%)、K103R(3.14%)、G190S(1.98%)、V108I (1.63%)、G190A(1.28%)、和K103E(0.35%)。耐药性分析结果显示该地区发现的耐药性突变主要对治疗方案AZT/DDI/NVP产生耐药性,部分样本人群已经对现行的治疗方案产生了耐药性(12.77%),并在体内存在着大量的低频率耐药性突变位点,提示有必要对上述抗病毒治疗人群开展耐药性检测。