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目前国内的凡纳滨对虾亲虾主要来自于国外。我国是养殖凡纳滨对虾的大国,但因苗种品质、养殖不当、资金问题等问题,灾害频发等因素,养殖效益亏损至今影响着我国凡纳滨对虾产业体系的健康发展。为了保护与开发种质资源,获得具有优良性状的新品种。本文对子一代的群体进行了遗传背景分析,种质资源鉴定,并对一些SSR进行生长相关性检验,筛选了一些与生长相关的EST-SSR标记。并对部分分子标记进行了体重相关性检验。确定群体母系关系。通过对比不同个体mtDNA控制区部分序列,获得（VG2Z,VNZ,OSZ,NSZ）4个群体的母系遗传关系,依最大似然法的遗传距离比较不同母本间的变异与进化。211条序列平均长度604bp,共检测到232个简约信息位点。14个缺失。358个保守位点.281个突变。232个点突变中,共检测到14个缺失/插入,28转换,36置换。一共检测到14个单倍型,其中27个亲本,共检测到14个单倍型。子一代VG1Z84个样本,共检测到12个单倍型。亲代群体单倍型多样性指数0.8950,核苷酸多样性指数0.1100,平均核苷酸差异数K65.1。子一代群体单倍型多样性指数0.7980,核苷酸多样性指数0.1028,平均核苷酸差异数K60.6。最大似然法计算遗传距离,亲代（母方）群体内遗传距离0.156,子代群体内遗传距离0.134,两代群体间遗传距离0.144。比较亲代（母方）与其子代的序列,亲代（母方）的Hd、pi、k、PL值大于子一代。说明F1群体的遗传多样性减小。27个亲代（母方）中有5个亲代（母方）共3单倍型未在F1检测到。子一代群体中检测到1个新的单倍型Hap8。Hap8与Hap7相比,发生了2个转换和1个插入,该变异位点发生在非编码区,发生了点突变的个体来自于OS群体的自交后代。辅以繁殖数据,一对一一共确认了8个母本。以11对微卫星对子代9个群体的遗传多样性评价。11个SSR在9个子一代群体中共检测到51个等位基因。等位基因数3050,有效等位基因数Ne 22.0928.39,观测杂合度Ho 0.320.60,期望杂合度He 0.480.63。群体内近交系数fis-0.20.37。杂交群体Shannon index指数0.94,小于自交群体1.13,由高到低依次顺序为:自交群体>亲代群体>杂交群体。与自交群体相比,杂交群体的多样性并没有提高。VNZ与G2Z群体固定指数F分别为-0.2,-0.08,为负值。其他群体为正值。显示了G2Z和VNZ杂合子过量与总群体水平杂合子缺失的现状。9个群体在11个SSR总体水平上的PIC范围0.400.59。总体呈中高度多态。总群体水平近交系数Fit由高到低顺序为:亲代群体>杂交群体>自交群体。亲代群体Na与自交后代相比,OSZ,NSZ,G1Z,G2Z分别小于OSQ,NSQ,G1Q,G2Q群体,显示亲代群体一些稀有等位基因在子代中丢失。V101Z（Na）大于V101Q（Na）,这可能发生了变异或多出的等位基因来源于父本。比较自交群体与亲代群体Ne与He,结果表明自交群体与对应亲代群体的遗传多样性差异不明显。以Nei’s遗传距离绘制UPGMA进化树,结果表明:9个群体间的遗传距离0.06850.6065。VNZ与OSZ遗传距离最短,优先合为一支。G2G1Z与VG2Z合为一支后与VG1Z、NSZ汇合,之后与VNZ和OSZ合为一支,与G1Z和G2Z融合,最后与V101Z融合。V101Z与其他8个群体的遗传距离都相对较远。将多态性良好的EST-SSR引物的基因型与凡纳滨对虾生长性状相关联。采用一般线性模型与最小二乘关联性分析,发现在VG2Z中,利用一般线性模型和最小二乘方差分析,共获得4个微卫星与生长性状显著相关。,其中V-16与饱满度显著性相关（P=0.10）,LVE66F与体重极显著性相关（P<0.1）。V-6与LVE16F与体重显著性相关（0.10<P<0.05）。其他标记与体重和饱满度无关。通过Duncan多重比对结果发现LVE16F、LVE70F、V-6各基因型在VG2Z中与体重不存在线性关系,LVE66F中BD基因型个体的体重显著大于AB/BB/BF个体的体重。但在其他群体中,LVE66F与体重和饱满度相关性不显著（P>0.05）。用主体间效应模型检验12个微卫星标记与体重、饱满度的相关性,确定LVE16F与LVE70F在4个群体中与体重或饱满度显著性相关（P<0.05）。对LVE16F与LVE70F进行duncan’s多重平均值分析结果表明:LVE16F、LVE70F各基因型在VG2Z中与体重不存在线性关系,在VNZ中,LVE70F的AB基因型的个体平均体重显著大于AA基因型的个体。LVE16F的AA,BB的个体的体重和饱满度显著大于CC,BC的个体,AA基因型的个体的体重和饱满度显著大于AB基因型的个体。LVE70F和LVE16F在VNZ中与体重和饱满度存在明显的线性关系。G2Z中,LVE70F,AB,BB个体体重显著大于BC,CC。AA,AB,BB个体的体重显著大于CC,CC基因型个体的饱满度显著小于AA,AB,BB个体的饱满度。LVE16F,AC基因型的个体的体重显著大于BC基因型体重。V101Z中,LVE70F,AB,BB,AB个体的体重显著大于BC个体,AA个体的饱满度显著大于BC个体。LVE16F中,AC基因型的个体体重与饱满度显著大于BC个体。LVE16F与LVE70F的等位基因C为隐性,存在C的个体体重比较小。综上所述,本文为凡纳滨对虾人工育种群体的种质检测,与生长相关分子标记的选择提供了一些的理论依据,在生产中具有一定的指导意义。