湖光岩玛珥湖可培养菌群多样性初步研究

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微生物作为物质循环和能量流动的主要参与者,在湖泊生态系统中起着特别重要的作用;湖光岩玛珥湖是典型的、玛珥类型的火山口湖泊,具有非常鲜明、独特的地质和水文环境条件,但有关该湖泊微生物组成的研究还比较少。因此,本研究采用纯培养法和16S rRNA基因序列分析的方法对湖光岩玛珥湖中可培养细菌的多样性进行研究,以了解此类湖泊可培养细菌的多样性。 研究选择了四类7种不同的培养基从湖光岩玛珥湖水体和底泥中分离得到295株细菌,通过水煮法提取分离菌株的DNA,以PCR扩增获得细菌16S rRNA基因,使用四种限制性内切酶(Hin6 I、Hinf I、Mse I、Rsa I)对16S rRNA基因扩增片段分别单酶切、综合酶切,经带型分析和分类后,获得具有代表性的菌株71株。进而根据上述菌株的16S rRNA基因序列构建了分子系统发育树。 结果表明,71个分离菌株属于5个大的系统发育类群:放线菌门(Actinobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)、异常球菌-栖热菌门(Deinococcus-Thermus)、变形菌门(Proteobacteria)和厚壁菌门(Firmicutes)包含8个纲、13个目、18个科、27个属。优势类群为Proteobacteria门(44株,62.0%)其中仅γ-Proteobacteria亚门就已达35株,49.3%;其次是Firmicutes门(17株,23.996);再次是Bacteroidetes和Actinobacteria(各4株,5.6%);比例最小的为Deinococcus-Thermus(2株,2.8%)。这些分离物中,5-30、5-2分别代表单胞菌科(Pseudomonadaceae)和莫拉菌科(Moraxellaceae)的新种属;另有5株细菌可能代表对应科目中的新种属:5-3可能代表肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、7-17可能代表β-变形杆菌门未定科(Incertae sedis5)中的新种属和C8可能代表红环菌科(Rhodocyclaceae)的新属以及P8和P2可能代表芽孢杆菌科1亚科(Bacillaceae1)的2个新属。 从以上结果可以看出,湖光岩玛珥湖内细菌存在着其他湖泊常见的类别如Actinobacteria、Proteobacteria和Firmicutes,具有一定的相似性,又出现了些不常见的类别Deinococcus-Thermus,显示出了湖光岩玛珥湖的特异性;并且潜藏着较多的新的微生物类群(物种),可作为微生物资源新的来源。
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