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霍山石斛(Dendrobium huoshanenese Tang et Cheng)为兰科(Orchidaceae)石斛属(Dendrobium Sw.)药用植物,俗称米斛,仅发现于安徽省大别山区。由于其具有较高的药用价值,导致人们对其过度开采,野生资源急剧减少。以其茎加工而成的名贵中药材“霍斗”价格昂贵,达到7-10万元/kg。近年来,市场上霍山枫斗以次充好的现象屡现。因此,亟待需要对该物种的遗传多样性进行评价,寻找高效鉴别途径,旨在为规范霍山石斛的市场资源提供合理的科学依据。本文主要进行了以下三个方面的研究内容：(1)探讨了近源种石斛SSR标记在霍山石斛中的通用性,选用具通用性的球花石斛微卫星标记,初步研究霍山石斛野生资源的遗传多样性,检测到霍山石斛的遗传多样性为0.661。(2)依据rDNA ITS序列特异性位点,基于霍山石斛ITS1序列第96个碱基位点,ITS2区域第474个碱基位点设计特异性引物HS-JB01S和HS-JB01X。利用特异性引物对霍山石斛及其形态学相似的9种石斛进行分子鉴别,当退火温度调至66℃时,只有霍山石斛的模板DNA(?)能被扩增出来,进而达到有效区分霍山石斛与其形态学相似的常见混淆种的目的。(3)基于SYBR Green Ⅱ染料的荧光定量PCR方法,以60种石斛材料的ITS序列比对结果为背景,设计并筛选出特异性最佳,同时扩增效率最高的两对特异性引物HS_RT2、HS_RT6对霍山枫斗进行扩增,建立了一种快速而精准鉴定霍山石斛的方法。实验结果显示,引物HS_RT2检测霍山石斛时,其Ct值约为14.3,而其他种类的石斛显示了更高的Ct值,结果为33.57±0.74。引物HS RT6检测霍山石斛时,其Ct值约为14.72,其他种类的石斛为33.31±0.69。经统计学分析,两者具有显著性差异(P<0.001)通过本实验的方法,克服了枫斗中高含量多糖对DNA扩增的影响,有效区别由霍山石斛D. huoshanense加工而成的霍斗及由其他石斛加工而成的枫斗。