DNA甲基化作为表观遗传的主要修饰方式之一,参与细胞的许多生物学过程,在植物生长发育、基因组印记和对逆境胁迫的应答等方面发挥重要作用。本试验利用玉米甲基化免疫共沉淀(MeDIP-seq)技术对玉米杂交种郑单958吸胀0h和24h果穗上部、中部种子全基因组DNA甲基化进行了研究,利用McrBC-PCR对部分差异甲基化基因进行验证,将MeDIP-seq数据和RNA-seq数据结合,对部分差异甲基化基因的表达水平进行检测,从DNA甲基化角度研究影响玉米果穗不同部位种子萌发的调控机理。主要研究结果如下:1.通过MeDIP-seq技术对玉米果穗不同吸胀时间、不同部位种子的全基因组DNA甲基化进行分析,吸胀0h种子的差异甲基化基因数量远多于吸胀24h种子;吸胀0h中部与上部种子相比,甲基化上调基因的数量多于下调基因的数量,而吸胀24h中部与上部的种子比较,甲基化下调基因的数量多于上调基因的数量。2.MeDIP-seq结果分析发现启动子区的甲基化修饰要多于基因区,基因区内含子的甲基化修饰多于外显子。通过对吸胀0h和24h中部和上部种子的差异甲基化基因进行分析,在吸胀0h种子中共检测到7264个差异甲基化基因,在吸胀24h种子中共检测到3047个差异甲基化基因。这些差异甲基化基因编码的蛋白参与染色质和染色体结构、DNA修复、能量代谢、N代谢、淀粉和蔗糖代谢、DNA损伤修复和复制、翻译起始、信号转导等过程。3.对玉米果穗不同吸胀时间、不同部位种子的全基因组DNA甲基化数据和RNA-seq数据进行比较分析,发现从整体趋势来看,启动子区DNA的甲基化与基因表达成负相关,启动子区DNA甲基化水平降低,基因表达增强。4.通过McrBC-PCR对16个基因的甲基化进行验证,发现14个基因(87.5%)在果穗不同部位种子间的DNA甲基化差异趋势结果与MeDIP-seq结果相一致。