随着知识经济时代的发展，创新日益成为城市和区域发展重要的动力并作用到城市的职能当中。城市职能随着社会经济的发展逐渐演化形成城市创新职能，所以需要对城市创新职能进行理论探讨。在这种背景下，论文展开对城市创新职能的研究，探究城市创新表现形式、规模及绩效，并对广州与深圳的城市创新职能做了简要的比较分析。论文首先对城市创新职能进行深入分析，明确了城市创新职能形成的条件因素、城市创新职能的概念、表现形式、特征等；接着提出城市创新职能的评价指标体系并且运用层次分析的方法求取指标体系的权重；然后对广州和深圳的城市创新职能做了测评及比较并且得出广州与深圳城市创新职能的影响因素，如政府、教育、科技等；接着用副省级以上城市的数据分析了广州和深圳的城市创新职能在全国的地位，结果显示广州与深圳的城市职能在全国领先的位置；最后采用数据包络分析的方法建立指标体系分析广州和深圳城市创新职能的绩效，结果表明：深圳的投入低产出高，即深圳的城市创新职能的绩效优于广州。