计算机辅助研究核苷类药物与蛋白质的相互作用

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在人体血浆中,血清白蛋白的浓度为42g L-1,占蛋白总量的60%并提供80%的血液渗透压。由于人血清白蛋白(HSA)具有在体内储存、运输多种内源和外源性化合物的功能,因此在生命过程中起着极其重要的作用。核苷类药物可以直接抑制病毒的复制,有较强的抗病毒能力,在抗艾滋病毒、乙肝病毒等方面占有重要的地位。研究核苷类药物与HSA相互作用的机理,对于揭示人体内药代动力学问题以及新的抗病毒药物开发等方面有着重要的意义。荧光光谱是研究具有生物活性的药物小分子与生物大分子之间相互作用最常用的技术手段。基于先前的研究,在本文中利用荧光光谱法结合分子模拟技术,探讨了在模拟人体生理条件下(pH=7.4,离子强度为0.1mol L-1)阿糖尿苷、阿糖胞苷、2’-脱氧胞苷以及5’-腺苷单磷酸钠四种核苷类药物与HSA之间的相互作用。研究论文共分为五个部分:第一部分:绪论主要介绍了HSA在生命过程中的重要作用及它的结构、生理功能,核苷类药物概况,实验中用到的技术手段和本研究的当前进展。第二部分:阿糖尿苷与HSA相互作用的研究利用荧光光谱法结合分子模拟研究了核苷类药物阿糖尿苷与HSA的相互作用。根据光谱所得结果,作用的猝灭机理为静态猝灭,分子间作用力主要为疏水作用力并计算得出了结合位点数。通过同步荧光光谱和三维荧光光谱,讨论了在阿糖尿苷影响下HSA的构象变化。第三部分:阿糖胞苷与HSA相互作用的研究阿糖胞苷与HSA之间的结合情况通过荧光光谱和分子模拟技术研究得出:HSA的荧光光谱被阿糖胞苷明显猝灭,计算得出热力学参数(ΔG, ΔH和ΔS),结果表明阿糖胞苷与HSA之间主要通过疏水作用力发生显著作用。根据同步和三维荧光光谱探讨了HSA在反应前后的构象变化。第四部分:2’-脱氧胞苷与HSA相互作用的研究多种光谱方法和分子模拟方法被用于研究2’-脱氧胞苷与HSA之间相互作用。通过荧光光谱得出结论,2’-脱氧胞苷与HSA的结合机理是静态猝灭过程,在不同温度下(284K,297K and310K)计算得出了反应的猝灭常数、结合常数以及结合位点数,2’-脱氧胞苷与HSA之间的作用主要通过疏水作用力产生。同时,讨论了由于2’-脱氧胞苷的引入导致HSA发生了构象变化。第五部分:5’-腺苷单磷酸钠与HSA相互作用的研究在模拟生理条件下,通过荧光光谱技术结合分子模拟方法研究了5’-腺苷单磷酸钠与HSA之间的结合作用。根据Stern-Volmer方程,静态猝灭为反应猝灭机理,同时计算得到了反应猝灭常数。利用双对数方程得出反应的结合常数及结合位点数,基于F ster非辐射能量转移理论,计算出5’-腺苷单磷酸钠在蛋白质上的结合位置与色氨酸残基之间的距离r=3.05nm,最后讨论了存在5’-腺苷单磷酸钠情况下HSA的构象变化。
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