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近年来,马疫病不仅导致马的死亡、重大的经济损失,甚至也威胁到人类的健康和公共卫生。为适应马产业发展的需要,我国也逐渐从国外引进马匹来改良地方品种、发展赛马业、马术运动和骑乘马业。因此进口马必须进行疫病检疫工作,进境时还会受到长途运输的影响,目前对阿哈尔捷金马应激研究尚未报道。此外,疾病、应激以及肠道微生物密切相关。本文对进口25匹阿哈尔捷金马5种疫病检测,分别进行马传染性贫AGID和竞争ELISA、马病毒性动脉炎间接ELISA和RT-PCR、马疱疹病毒间接ELISA和1/4型荧光PCR、马梨形虫PCR、马流产沙门氏菌试管凝集等试验;在长途运输到达目的地后第7 d和35 d,分别进行颈静脉采血测定生理指标,制备血清用于测定生化指标及应激相关激素,并与未经运输的本地15匹阿哈尔捷金马进行对比研究;对21匹阿哈尔捷金马肠道粪便材料的细菌16S rRNA基因进行高通量测序。结果显示:马病毒性动脉炎抗体阳性率为12%,马疱疹病毒抗体阳性率为100%,马传染性贫血、马流产沙门氏菌抗体检测都为阴性。马疱疹病毒1/4型、马病毒性动脉炎、马梨形虫病原学检测均为阴性;运输后第7 d和35 d,其中性粒细胞(Gran)数量及占比仍显著和极显著高于未运输(P<0.05和P<0.01),且其红细胞压积(HCT)、血小板(PLT)也均显著高于后者(P<0.05),碱性磷酸酶(ALKP)极显著和显著高于未运输(P<0.01和P<0.05)、血糖(GLU)极显著和显著低于未运输(P<0.01和P<0.05),运输后第7 d尿素氮(UREA)、胰岛素(INS)、抗利尿激素(ADH)、生长激素(GH)显著低于未运输(P<0.05)、总胆红素(TBIL)和三碘甲状腺原氨酸(T3)显著高于未运输(P<0.05),到35 d无差异,其他所测指标在运输后与未运输无差异;共获得754,745个有效序列,2572个OTUs,包括19个门和290个属。α多样性分析,Chao1、ACE、Simpson、Shannon和Coverage均无显著性差异。此外,门水平百分比比较,进口马纤维杆菌门和螺旋体门显著低于本地马(P<0.05)。进口阿哈尔捷金马检疫方法及经长途运输后出现应激反应的血液生理生化和激素的指标、肠道微生物群落结构及差异为今后进口马管理提供参考。