羊肚菌属(Morchella)隶属于子囊菌门(Ascomycota)盘菌目(Pezizales)羊肚菌科(Morchellaceae)，是世界公认的一类稀有食用和药用高等真菌，亦是国际上最重要的贸易真菌之一和我国重要出口创汇的野生食用菌。由于羊肚菌商业化栽培尚处在起步阶段，产量有限，市场上销售的产品几乎全部来自野生，而生境散失和片段化以及过度采集导致了野生资源正逐年减少。要发展和壮大我国羊肚菌产业，使资源得到可持续利用，实现人工栽培是最有效的途径。正确认识物种及其生物学特性是进行人工栽培的基础，已有的资料显示，虽然羊肚菌属各个种在生物学特性上基本相似，但还是存在一定的差异，进行人工栽培时需要采取不同的方法。但由于羊肚菌生活史复杂，且在种间存在广泛的杂交，加之与其所生活的多样化环境相互作用，使羊肚菌属的物种多样性常不能被正确认识，单凭形态学很难对羊肚属作出正确的鉴定，随着科学技术的发展，许多分子生物学技术广泛用于食用菌的分类和系统研究中，在目前羊肚菌属系统发育分析中，使用最多的是ITS序列，但在羊肚菌属中，ITS序列正经历快速进化，重复序列较多，用ITS序列来作系统发育分析，其结果并不能正确反映类群间的系统发育关系，使用多个基因联合进行系统分析，其可靠性要比单一基因大的多，因此，也就成为目前分子系统学发展的趋势。　　 本研究采用最大简约法研究分析本实验测定羊肚菌属9种的LSU和SSU序列并以泡质盘菌和鹿花菌作为外类群，并构建分子系统树，探讨羊肚菌属及其相关属的系统发育关系。结果表明，羊肚菌属各种分为两个大的分支，包括黄羊肚菌和黑羊肚菌。黄羊肚菌包括羊肚菌、粗腿羊肚菌、肋脉羊肚菌、薄棱羊肚菌、褐赭色羊肚菌，黑羊肚菌包括黑脉羊肚菌、高羊肚菌、尖顶羊肚菌、圆球羊肚菌。此同时我们发现不同地域的同一种羊肚菌间或多或少的也存在着遗传和系统发育距离，这也验证了不同生态环境对羊肚菌系统发育的影响。本课题研究结果为羊肚菌属的系统分类研究提供了较为明确可靠的分子性状依据。从而有利于羊肚菌属种质资源的保护、开发和利用。