增加农业投入,让农民增收减负,全面建设小康社会,是当前及今后一个时期党和政府对农村经济工作的重点;中央历年来以头号文件出台的有关“三农”方面的政策文件,也显示了党和政府高度关注农村发展问题。如今国家财政对农业的补贴不断增加,对农业系统工程专项资金的投入也不断提高,政府承担的公共经济责任也越发重要。随着党风党纪的整顿,对专项资金审计工作的力度也不断加大,对绩效审计的观念意识开始增强,管好钱办好事,绩效审计在促进农业专项资金的使用和管理方面发挥的作用日益显现,必将成为我国审计工作开展的主流。我国开展绩效审计工作起步较晚,理论研究和实际探索依然处于初步阶段。绩效审计的内容尚不完整,评价指标体系的构建复杂且不规范,审计效果难以落实,农业专项资金的审计理论对实际工作指导作用有待进一步实践和充实。目前,专家、学者们在不断总结和借鉴国外开展绩效审计的经验及理论研究的基础上,积极开展理论研究和实践活动,探索并构建一套适合我国绩效审计工作的评价指标体系,为有效管理和充分利用有限资源,维护人民群众切身利益,及审计人员在开展财政专项资金绩效审计时提供可靠依据服务。本文以公共受托责任理论、公共产品理论、公共支出绩效评价理论为理论基础,结合国内外研究人员对政府绩效审计、涉农专项资金绩效审计相关研究,借鉴前人的经验和方法,将绩效审计目标的诸要素进一步分解,形成多层次指标,从定性定量角度,利用层次分析法确定相应的权重,并对各指标加以评分和确定权值,从而得出评价结果,以此来尝试构建适用于我国农业专项资金绩效审计评价指标体系。本文还结合农业饮水工程进行案例分析,对构建的绩效评价指标体系进行运用,对构建指标体系的可行性、可信度进行检验验证,并对农业专项资金绩效审计工作过程中存在的问题提出一些见解与对策。