在经济全球化背景下,综合国力的竞争愈演愈烈,而综合国力的竞争说到底还是创新的竞争。我国是最大的发展中国家,十八大也强调需要坚持实施创新驱动发展战略、走中国特色自主创新道路。研究京津翼、长三角、珠三角、长中游、成渝五大城市群高技术产业的创新对当今中国的创新而言具有指导意义。本文R&D经费结构是指用途结构和来源结构,从用途角度将R&D经费分为人员劳务费和仪器设备费等,从来源角度将R&D经费分为政府资金和企业资金等;本文研究的创新绩效具体分为创新的经济绩效和创新的效率绩效,创新的经济绩效以新产品销售收入占当期主营业务收入比重来衡量,创新的效率绩效衡量的是创新的相对投入产出效率。关于创新的经济绩效,本文根据五大城市群高技术产业2009-2015年的面板数据,分别从R&D经费用途和来源角度来看R&D经费对创新的经济绩效的作用,结果表明:第一、R&D经费中人员劳务费与创新经济绩效呈现出显著的正相关,而仪器设备费和创新经济绩效的关系不显著;第二、R&D经费中企业资金与创新经济绩效呈现正的相关关系,而政府资金和创新经济绩效的关系不显著;第三、高技术产业行业之间存在着较大的差异,计算机及办公设备制造业的经费对创新经济绩效的贡献程度比其他行业较高,比如在其他解释变量不变的情况下,增加相同比例的人员劳务费,计算机及办公设备制造业可以得到更多的新产品产出。关于创新的效率绩效,本文利用DEA方法对比了京津翼、长三角、珠三角、长中游和成渝的创新效率绩效,将13个省市作为可比较的决策单元,以新产品销售收入和专利申请数衡量创新产出,以R&D经费中的企业资金和政府资金、R&D人员投入以及技术引进费用衡量创新的投入,采用DEA中的BC2模型,分析表明:第一、珠三角的创新效率绩效最高,成渝其次,长三角和京津翼紧跟其后,长中游的创新效率绩效相对较差。第二,从投入产出的规模报酬角度来看,北京、江苏、浙江、安徽、广东、重庆六地规模有效,规模报酬不变,天津、上海、湖南、四川规模报酬递减,河北、江西、湖北规模报酬递增。