本文通过对我国农业专项资金立项、拨付、使用、审计、绩效评价等各环节的分析，深层次的挖掘在农业项目资金管理中存在的问题，深入研究探讨前人的研究成果和合理建议，将外国先进经验和成功案例根据我国现状有选择的借鉴，并以此将农业专项资金支出的社会效益尽量提高到最大，同时国家财政对于农业的扶持政策和支持力度要切实保证到位，使农业现代化发展的进程进一步加快。通过对我国农业专项资金管理现状及存在问题的研究，主要从项目的立项和预算、资金的拨付和使用以及监管绩效评价等方面揭示目前我国农业专项资金存在的问题。问题很多，但相对较集中：项目不够公开透明、可行性论证不充分，编制预算不够重视，编制不够详尽等问题是目前我国农业专项资金上存在的主要问题。项目的透明度和可行性分析决定了项目立项是否科学，而在资金自上而下的拨付过程中，资金不能及时到位、地方配套跟不上等这些问题，导致了资金的拨付滞留。在资金使用过程上，存在诸多问题，例如项目管理不规范、擅自对项目进行调整或者变更、会计核算工作不规范，“专款专用”无法落实到位，导致资金的分散性比较广，不易达到集中使用的合力。在资金监管和绩效评价上，项目的内部监督制衡机制不健全，缺乏相应的专业技术人员对项目资金的实际使用效果进行监督；同时，对项目的考评手段还不够科学完备，容易受到人为因素的影响，难以全面反映真实情况。这些都是需要迫切解决的问题。借鉴美国已经建立了比较完善的农业法律体系，从根本制度上保障了农业的发展。美国实行“以工补农”的政策，在农村道路、通讯、电力等基础设施的建设方面投入了大量资金，提供优惠的贷款和良好的农业技术服务，加大对农业生产的补贴，提供农产品在市场中的竞争力。在发展农业时，注重生态环境的保护和对不可再生资源的消耗限制。同时，通过政策和资金投入倾向大力支持农业科研技术的推广与应用。欧盟通过结构调整加大对农产品的补贴力度和对农业的扶持有明确的长期发展规划、对对外贸易规则的充分利用、建立完善的财政补贴体系、推动生态环保农业发展和改进农业项目管理等方法，从农业生产开始到最后销售全过程进行政策和资金的保证。通过建立健全各项专项资金管理制度，包括合理界定资金使用范畴、严格的预算制度、责任追究制度和资金报账制度以及在项目实施过程中的安全生产管理制度、项目档案管理制度等。在项目申请立项论证期间，就要明确项目投资的重点方向，引导资金对优质高效农业、农产品深加工以及农业龙头企业的扶持力度，同时明确项目主要负责人在项目管理中要承担的技术监督指导、工程质量验收等责任以及财政部门和相关参与单位的责任。编制项目资金预算要根据相关的法律法规和项目扶持政策做到尽可能的可靠详尽、科学合理，每一笔资金都要按预算支出。通过完善财政直接支付制度和良好的会计基础工作，用政府采购和项目招投标制度保证资金管理过程中尽量少的受到非政策性的干扰和影响。其中政府采购和项目招投标是项目管理中最易产生漏洞的环节。增加招投标的公开程度、完善相关的法律法规、设立专门的职业化管理机构以及有效的监督机制和对电子招标系统的推广。最重要的还是建立健全的项目全过程的审计监督机制，通过建立项目工作总台账、完善项目评价体系、分阶段审查项目建立相对有效的资金管理模式。财政部门和项目主管部门共同实施对项目全过程的监督管理，综合分析项目资金的使用情况，遇到问题及时处理。在项目工程完成后，主管部门进行验收，按照具体量化指标进行考核，做出最终评估报告，奖先进罚落后。实行经常性审计制度，增大上级部门对下级和交叉审计的力度，对发现的违纪违规现象，要通过纪检监察部门的介入来对项目责任人进行处理。建立信息反馈制度，改善基层部门与上级单位的沟通渠道，保证好的建议能够得到采纳。