玉米狄克氏菌（Dickeyazeae，简称D.zeae，异名：Erwinia chrysanthemi pv.zeae）是一种世界性重要植物病原细菌，寄主范围广泛。由它引起的水稻细菌性基腐病是水稻上重要细菌病害之一，在我国及东南亚国家的局部稻区严重发生，导致水稻严重减产。目前对病原菌D.zeae的致病性及其致病性调控机理研究还不完善，hfq和crp分别编码sRNA分子伴侣 Hfq和环腺苷单磷酸受体蛋白（CRP），它们在水稻基腐病菌中的作用，尚不清楚。　　为了明确hfq和crp在D.zeae中的致病作用，本论文以水稻基腐病菌DZJS-4为材料，通过无痕基因敲除的方法，构建获得了DZJS-4的hfq和crp基因缺失突变体△hfq和△crp。表型测定结果表明，与野生型相比突变体△hfq和△crp的生长速率明显下降、形成生物膜的能力减弱，纤维素酶和果胶酶的活性降低，在大白菜上的软腐症状减弱，都失去了在寄主植物水稻上的致病力；其中，突变体△hfq的胞外蛋白酶和毒素的活性均完全丧失，烟草上的HR能力减弱，显著影响水稻种子萌发的抑制作用，且在不同环境压力（低温、高温、10％乙醇、10%蔗糖、20%蔗糖）下的生存能力也明显减弱；而突变体△crp产生胞外蛋白酶和毒素的能力下降，对水稻种子萌发和烟草HR影响较小。进一步功能互补分析结果表明，突变体△hfq和△crp的互补体表型特征均能恢复成野生型。　　为了更进一步了解hfq对上下游基因的调控关系，本论文采用Illumina HiSeq200的测序平台对水稻基腐菌DZJS-4和突变体△hfq菌株进行了转录组学分析，并比较它们之间基因转录水平的差异，测序结果显示，与野生型相比，△hfq中共有3537个基因转录丰度发生了改变，其中（|log2(FoldChange)|>1且qvalue<0.005）的差异基因有710个，347个基因上调表达，363个基因的转录受到抑制。同时，对其差异基因进行了GO富集分析和KEGG富集分析，结果发现，这些差异基因涉及细菌的鞭毛组成（Flagellar assembly），双组分系统（Two-component system），脂肪酸代谢（Fatty acid metabolism），细菌趋化性（Bacterial chemotaxis），ABC转运蛋白（ABC transporters），细菌的分泌系统（Bacterial secretion system）等途径。突变体△hfq中有22个T6SS基因及30个鞭毛系统基因的表达受到hfq的调控，趋化性基因簇中的32个基因也表出不同的转录水平差异。此外，野生菌DZJS-4和突变体△hfq之间有43个sRNA的表达存在显著差异。对候选sRNA靶标基因分析表明，每个候选sRNA都对应着多个靶标基因。选择部分差异表达基因和候选sRNA进行实时荧光定量PCR，其结果与转录组测序基本吻合，Hfq正向调控hcp、vgrG、vasJ、vasD、impB、impC、zmsA、pelE、celZ、cytB、prtC及细菌代谢途径中相关基因的表达，负调控鞭毛基因簇、yliB、ycgG、vfmE和rbsk等基因表达。　　以上结果表明，hfq和crp明显影响了D.zeae的致病性，具有综合调控功能，是病原菌致病所必需的。