企业并购作为一种复杂多样的资本交易,已经成为企业优化资源配置、升级资本结构和产品结构的重要工具手段。在企业并购中,股权转让是最为常见的。加之目前自然人投资、持股已成为普遍现象,个人作为并购重组主体参与交易也逐渐走入我们的视野。虽然并购交易受到很多非税因素的影响,但对交易参与人而言,税制的变化对并购甚为关键。2018年8月我国新的《个人所得税法》的修正案已经发布,预示着个人所得税将继续稳健地发挥税收的功能。新法股权变更登记中先“税务”再“工商”的规定,确定了高强度的税收征管,助力于税务机关对税源的把控。然而,部门间的协调等具体操作的办法还未出台,有待斟酌后统一。同时,在我国企业并购背景下个人所得税制度还存在其他诸多为人诟病的地方,主要是立法方面和征管方面两大问题。其造成了税务机关和自然人纳税人彼此的无所适从,更有甚者直接阻断企业并购交易的完成。在计税依据的立法方面,引发争议的是收入的确认和合理费用的确认。结合实务中的案例分析,收入确认问题可以被类型化为分期付款问题和对赌协议问题。在税收优惠的立法方面,个人股权转让在符合非货币性投资的条件下可以五年分期缴纳税款,但以规范性文件为依据,存在位阶过低的形式的缺陷,同时其规定过于模糊难以给实践提供明确的指导。除了五年分期缴纳税款的税收优惠,同样是股权转让的企业股东享有特殊性税务处理的企业所得税政策。基于此,如何平衡所得税之间的税收待遇也是一大难题。至于税收征管,纳税地点给异地扣缴义务人带来的不便以及纳税申报过程中资产评估中介机构的非中立性都是亟待解决的问题。面对实践中出现的种种问题,首先依赖于立法的反思和重构。坚持以税法的原则为中心,反思税收优惠、计税依据以及征管制度。从立法上找到解决问题的路径,从而完成整个企业并购股权转让的个人所得税制度的重构。其次,这些制度上的问题离不开自然人纳税人的配合,和以税务机关为主的政府部门的协调合作。