在高度集权的上市公司以及公司治理结构不完善的内部人控制的公司，中小股东由于缺乏话语权、风险承担能力小以及自我保护能力弱等特点，因此，一直以来，中小股东都处于相对弱势的地位。实际上，加强对中小股东的保护作用，有助于稳定资本市场，使其得到可持续发展。近些年来一些学者的研究表明，随着独立董事制度的产生与发展，其作为公司治理结构的一部分，在中小股东权益保护方面扮演着一定的角色。自2006年中国证监会颁布《关于在上市公司建立独立董事制度的指导意见》正式确立实行独立董事制度以来，对上市公司治理和提高公司绩效方面确实起到了一定的作用，但由于其引入我国时间还较短，还需要不断投入时间和精力予以完善。独立董事能否有效承担起保护中小股东权益的角色，也引起了资本市场的关注。本文是在国内外研究成果的基础上从独立董事的角度来对中小股东权益保护进行实证研究。文章首先对相关理论、概念和中小股东权益保护的现状进行了阐述；然后将中小股东相关指标利用层次分析法整合成一个综合指标，再以独立董事规模、勤勉程度和报酬水平作为解释变量构建中小股东权益回归模型；通过收集我国在深交所上市的普通机械制造业板块近三年的公司数据来研究我国独立董事对中小股东权益保护的关系，通过实证分析表明：提高独立董事的绝对数量和相对数量，能有效的使独立董事参与公司治理，保护中小股东权益。但从独立董事勤勉制度和报酬水平来看，独立董事保护中小股东权益的效果并不显著；最后，通过实证结果分析，提出相关对策建议，旨在更好的保护中小股东权益。