随着畜牧业的快速发展,我国东北、东部地区开始大面积种植紫花苜蓿。本文对黑龙江、吉林、辽宁、内蒙古、安徽五省13个县市采集分离到的114株紫花苜蓿根瘤菌进行多样性研究,并分析其与土壤因子的相关性,以揭示这些地区苜蓿根瘤菌的种群结构及主要影响因子,为筛选高效的苜蓿根瘤菌菌剂以及根瘤菌进化机制的研究奠定科学基础。苜蓿种子内生根瘤菌最佳灭活方法的研究结果显示:70℃高温处理6天的苜蓿种子在无菌基质上种植后,其根部不结瘤或结少量无效根瘤。该方法为根瘤菌土壤捕捉实验、根瘤菌回接试验提供技术保障。IGS rRNA基因PCR-RFLP分析表明,114株苜蓿根瘤菌分属于12种IGS型,具有较高的IGS型多样性。进行不同IGS型代表菌株16S rRNA基因序列比对分析,结果显示在66%水平上,可以将安徽特有的IGS型(IGS2,3,4)与其它IGS型分开,说明东北地区与东部安徽地区IGS类群存在分化现象。本研究中112株根瘤菌属于Sinorhizobiummeliloti,为优势种,其余2株菌株属于Rhizobium属,分别为R.alkalisoli和R.galclium,该种根瘤菌首次在中国苜蓿根瘤中获得。系、统发育分析显示根瘤菌R.alkalisoli和R.gallicum与S.meliloti和S.medicae亲缘关系较远。根瘤菌IGS型与土壤因子相关性分析表明,土壤pH值、有机质含量、总氮、有效氮、电导率及Na+含量是影响东北及安徽地区苜蓿根瘤菌IGS型的主要因素。在东北特有的基因型中,IGS 10与有效钾含量、土壤有机质、总氮、Na+含量呈正相关,与pH值呈负相关;IGS1,9与土壤电导率、有效氮含量呈正相关。安徽特有的IGS型与土壤pH值呈正相关,与土壤有机质、总氮、Na+含量呈负相关。