本研究从浙江、安徽两地大型养殖场或养殖产发病或濒死鸡9份病料(气管、腺胃、肾脏、盲肠扁桃体、输卵管)在9-11日龄SPF鸡胚盲传2-8代,共分离9株病原。死亡鸡胚表现出生长发育障碍,弥漫性出血,未死亡鸡胚呈现典型的卷曲胚,尿囊液不凝集鸡的外周血红细胞,病原经RT-PCR鉴定为传染性支气管炎病毒。采用RT-PCR方法扩增了我国山东、安徽、浙江、四川四个省区的32株IBV地方分离株的M基因和其中10株的N基因,并对其进行了克隆、序列测定及同源性分析,构建了系统进化树,阐明了本研究IBV分离株与疫苗株、国内外参考毒株之间的遗传演化关系,探讨了地方分离株的来源。对IBV分离株M基因序列比对结果发现,32个毒株中25个毒株M基因ORF由678bp组成,而Australia“T”由669bp组成;ZJ981、IBV-J由672bp组成;JH051、IBV-W由681bp组成;JH06111、JH06011、JD071201由711bp组成。以H52、H120两个疫苗株M基因ORF 225位氨基酸长度为参考,其他毒株与两疫苗株M基因5’端长度差异情况为:Australia“T”在5’端缺失3个氨基酸,ZJ981、IBV-J在M基因5’端缺失2个氨基酸,JH051、IBV-W在M基因5’端有一个氨基酸的插入,JH06111、JH06011、JD071201在M基因5’端11位氨基酸处有10个正向重复序列的插入。IBV M基因除5’端前20位氨基酸有较大变异外,其他多处区域存在点突变,表明IBV M基因存在不同程度的变异。10株IBV分离株N基因的ORF均由1230bp组成,编码序列长度为409个氨基酸组成的多肽,10株IBV分离株存在散在的点突变,没有碱基的缺失和插入,M、N基因同源性及系统发育进化树分析表明:大多数毒株M、N基因进化关系一致,而IBV-J、JH06111、ZJ981、IBV-W株M、N两基因进化关系出现了差异,推测JH06111为一基因重组株,JH06011、JD071201、IBV-W、JH051有一致的变异方向,而IBV-N、IBV-X、IBV-J、Z1971、ZJ981有一致的变异方向,SD07012 N基因与所有测序毒株的氨基酸同源性小于90%,是一较大变异株。