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辣椒(Capsicum annuum L,2n=24)起源于拉丁美洲热带地区,属茄科(Solanaceae)辣椒属(Capsicum)。广泛栽培于全球各地,是一种世界范围内具有重要经济价值的蔬菜作物。野生小米椒(C.frutescens L,2n=24)是我国特有的栽培辣椒的近缘野生种,具有耐高温潮湿、抗病(抗TMV、CMV)、耐瘠薄、耐弱光、单株坐果率高、果肉清香细嫩等优良品质,尤其具有很强的耐干旱胁迫性。因此,野生小米椒对改良我国一年生栽培辣椒具有重要的意义。本研究以栽培辣椒(C.annuum-007EA)和野生小米椒(C.frutscens-P1512)为亲本,创制种间杂种;在此基础上,进一步自交,构建F2代分离群体,并借助GBS(Genotyping-By-Sequencing)简化基因组测序技术构建辣椒种间高密度遗传图谱,对主要农艺性状进行QTL定位。主要研究结果如下:1.种间杂种F1的创制与鉴定。通过种间杂交,以栽培辣椒007EA和近缘野生种小米椒P1512为亲本相互杂交,正交获得8株可育F1代,反交由于胚早期死亡,未能得到可育的种子。形态学鉴定发现,杂种F1代与亲本在农艺性状上有明显差异,杂种F1代的性状处于双亲之间,大多数农艺性状与野生小米椒极为相似;SSR分子标记进一步分析发现,种间杂种F1出现了双亲的共有带型,一条来自父本,一条来自母本,即为真杂种。总之,利用形态学和SSR分子标记证实了种间杂种F1的真实性。2.辣椒高密度种间遗传图谱的构建。对获得的种间杂交F1进行自交,共获得120株F2群体;利用GBS简化基因组测序方法,对双亲和120个单株进行测序,开发了 3882个重组bin标记,图谱全长是5601.79cM,共12个连锁群,分别对应辣椒12条染色体。连锁群的长度从1号到12号,依次为444.62cM,206.22 cM,453.87 cM,597.88 cM,474.45 cM,580.46 cM,535.37 cM,464.16 cM,599.26 cM,407.35 cM,351.25 cM,486.91 cM,其中最长是9号连锁群,最短是2号连锁群。bin标记之间的平均距离是1.44cM。相比早期的遗传图谱,大大降低标记之间的距离,进一步提高了辣椒遗传图谱的精确度。3.辣椒主要农艺性状QTL定位。对辣椒常见的农艺学性状包括开花时间、叶长、叶宽、主茎长度、主茎节数、节间长度、分支数、果重进行了 QTL定位。在这8个农艺学中,每一个性状都存在很丰富的表型变异,尤其是果实重量和开花时间。通过全基因组扫描,共检测到了 47个QTL位点,分布在辣椒7条连锁群上,分别为4、6、7、9、10、11、12号连锁群,单个QTL的表型变异率变化范围在10.71%-68.55%。其中4、10和11号染色体上检测到QTL位点最多。进一步分析发现,控制每个性状QTL位点数相差较大,其中检测到控制主茎长度的 QTL 位点是有 7 个,分别是(qmsl4.1,qmsl4.2,qmsl91,qmsl9.2,qmsl9.3,qmsl10.1,qmsl10.2),控制叶宽为10个位点,分别是qlw4.1ql,qlw9.1,qlw9.2,qlwl0.1,qlw10.2,qlw0.3,qlw10.4,qlw10.5,qlw12.1 而控制开花时间仅仅检测到1个位点(qibt7.1)。此外,还发现同一 QTL位点控制多个性状,比如控制主茎长度的位点qms/9.1和控制叶宽的位点q/w 9.2以及控制分支数的位点qon9.1,位于9号染色体的同一位置424.4cM处,控制主茎长度的位点qmsl9.3和控制分支数的位点qon9.2位于位于9号染色体的同一位置450.1 cM处。控制叶宽位点q/w4.1和控制分支数位点qon4.1,位于4号染色体337.5 cM,同时,在4号染色体341.4 cM处,还检测到控制主茎长qmsl4.2和控制叶宽位点qlw 4.2,这些结果表明了控制叶宽、主茎长以及分支数的基因可能存在较强的相关性,而且这些基因很可能成簇存在,呈紧密连锁关系;也有可能是“一因多效”引起的现象。本研究以栽培辣椒007EA和野生小米椒P1512为亲本进行种间杂交,创制种间杂种;并利用GBS简化基因组技术构建种间高密度遗传binmap,同时定位了 8个辣椒主要农艺性状。这些结果为进一步通过渐渗育种挖掘其优异基因,改良现有辣椒栽培品种提供理论参考。