万里农村改革坚持解放思想、实事求是,在解决中国农村改革与发展问题的过程中勇于探索,大胆实践,形成一套整体性改革思想。他“清帮治皖”,强调维护安定团结的政治局面;深入农户走访调研,制定《六条》,强调尊重生产队的自主权;明确指出农村中心问题是农业生产,依靠调整政策来调动群众的积极性;指明社会主义制度要坚持生产资料公有制与按劳分配两大原则,在其原则内,任何能够同时兼顾增加国家、集体、个人三者利益的劳动组织形式都应当鼓励;强调责任制必须与联产计酬相结合;主张改革人民公社体制,大力支持双“包”到户,指明二者社会主义性质;主张加强和改善党的基层领导,重视农村民主法制建设;鼓励农村发展商品经济,改革农村流通机制,支持乡镇企业发展;重视农村精神文明建设,大力普及农村基础教育,倡导科教兴农;强调社会主义民主法制建设的重要性,依靠法制建设巩固改革成果,保障改革秩序。他的农村改革思想具有人民性、求实性、辩证性、时代性的基本特点。其农村改革思想对于当时党的“三农”政策以及农村现实状况产生诸多积极影响。其农村改革思想为十八大以来解决“三农”问题提供一定借鉴。