【摘 要】
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【目的】将人肺腺癌细胞与肺正常上皮细胞转录组测序数据进行统计分析,明确差异表达基因和lnc RNA;利用生物信息学分析,并找出其中与肺腺癌细胞相关的lnc RNA与m~6A甲基化的关联性,从而为肺腺癌继续深入研究提供不同的新靶点和新思路。【方法】将4例人肺腺癌细胞设为实验组;将1例肺正常上皮细胞设为对照组。采集以上细胞,利用Illumina测序平台进行转录组测序,使用String Tie软件和Ba
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【目的】将人肺腺癌细胞与肺正常上皮细胞转录组测序数据进行统计分析,明确差异表达基因和lnc RNA;利用生物信息学分析,并找出其中与肺腺癌细胞相关的lnc RNA与m~6A甲基化的关联性,从而为肺腺癌继续深入研究提供不同的新靶点和新思路。【方法】将4例人肺腺癌细胞设为实验组;将1例肺正常上皮细胞设为对照组。采集以上细胞,利用Illumina测序平台进行转录组测序,使用String Tie软件和Ballgown进行基因差异表达分析,进一步行GO和KEGG富集分析,使用TCGA和ENCORI数据库进行分析预后相关性,并进行相关验证。【结果】获得每组得到上调、下调排序的各前10位差异基因和差异lnc RNA,并对组间差异表达明显的基因lnc RNA关联的基因进行生存曲线分析。对肺腺癌细胞系H1395进行了GO和KEGG富集分析。GO富集分析中结果显示,差异表达基因主要与细胞过程的调节、刺激反应、发育过程等因素相关。KEGG的富集到的信号通路有188条,排名上下调前十的通路注释。KEGG分析结果显示差异表达基因主要富集在代谢途径、细胞周期、氧化磷酸化作用等通路中。通过筛选显著差异的lnc RNA分子PLCE1-AS1与多个m~6A甲基化相关分子有共表达联系,有明显差异性。【结论】1.表达差异性显著且与肺腺癌相关的基因共15个,上调基因10个,下调基因5个;KRT19、SELENOP、KLK6、CD9可能成为肺癌未来预后相关指标。SLC3A2、TFF1、OSBPL2需要更多的验证与肺腺癌之间的作用机制。2.在肺腺癌细胞系H1395中,差异表达基因主要与细胞过程的调节、刺激反应、发育过程等因素相关。主要涉及代谢途径、氧化磷酸化、细胞周期和DNA复制等生物功能或通路。其中富集因子最高的富集通路为代谢途径通路。3.PLCE1-AS1可能和m~6A甲基化修饰有着密切关系,可能是未来肺癌研究的新方向和新靶点。
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