在晚清波澜壮阔的反抗封建统治斗争中，新疆地区由于独特的地缘政治、复杂的民族关系，其农民起义中独具特点，不仅带有反抗清政府封建统治的性质，也具有反抗外来侵略的特点。在回族史学界，学者们对两部分不同性质的斗争，都进行了比较详细的研究，取得了丰富的研究成果。在推进国家治理体系和治理能力现代化的过程中，这些成果对于推动民族政策，由“管理”到“治理”，具有很高的参考价值。　　本文以清代同治年间整个回民起义史为研究宏观背景，以新疆地区农民起义中的民族关系为研究对象，重点研究乌鲁木齐和伊犁两个地区的情况。本文研究的目的是试图从清朝同治年间的农民起义中新疆各族的相互关系变化中，发现各族关系变化的历史轨迹与发展规律。　　全文共包括导言及四部分内容。其中导言部分主要介绍了本课题的选题缘由与研究意义、研究资料与方法以及学术界对清代新疆农民起义的基本研究状况。第一章概述了清同治年间新疆农民起义的背景与基本概况。第二章论述了乌鲁木齐起义区起义的组织形式、起义初期的民族关系以及反阿古柏斗争中的回汉联合。第三章论述了伊犁起义区起义的组织形式、起义性质的蜕变与民族关系的倒退以及反沙俄入侵斗争中的回维等各族联合。第四章论述了清同治年间新疆农民起义中民族关系演变的特点。