随着社会主义市场经济的发展和改革开放的深入，“全能政府”治理模式的转型为公民自主与社会自治提供了一定的空间。行业协会自治成为社会自治中的重要组成部分。行业协会自治是行业协会正常运行、更好的发挥其职能的重要基础。然而当前我国很大一部分的行业协会在自治方面存在很多问题，这些问题具有很大的代表性，解决行业协会自治存在的问题对提高我国行业协会普遍的自治水平有重要作用，对我国经济发展和现代市民社会的构建有重要的意义。本文从理论与实践两个角度就转型时期行业协会的自治进行了综合分析。首先，阐述了介绍了关于行业协会和行业协会自治的相关理论基础，并在此基础上对转型时期行业协会自治的重要性和必要性进行了分析；其次，以深圳市D行业协会为个案，从实践的层面就转型时期行业协会自治的实际情况、取得的成果、存在的问题及其原因进行了调研，并在此基础上分析了我国行业协会自治的主要问题存在于权力来源、功能发挥、人员组成以及官民两重性等方面，问题存在的原因主要是政府对行业协会的定位不准确、双重登记管理制度、立法滞后等方面，并据此提出了几点建议一对深圳D行业协会的建议：完善内部监督机制、拓宽经费来源渠道、提高行业协会人员素质、完善服务型自律型管理机制、进一步强化深化服务职能；对政府的建议：改变双重登记管理审批体制、在经济上政策上和道义上给行业协会以多方支持、为行业协会提供税收优惠政策等等。最后，本文对行业协会自治进行了展望：加强行业协会的立法建设、健全社会监督机制、改变传统文化中对独立性的压制。