目前我国正大力推行供给侧结构性改革,通过提高自主创新能力来促进产业转型升级,政府不断出台政策激励高新技术企业加大研发投入,2018年对所有企业研发费用进行税前加计扣除,政府补助规模亦逐年提升。政府补助既是国家支持高新技术企业发展、引导外部资金投向的重要手段,也是企业开展研发活动的重要资金来源。但是由于政府与企业间存在信息不对称和委托代理问题,政府的补助政策缺乏有效性和针对性,相近的补助规模对于不同融资约束条件下企业研发的边际效用存在明显的差异。因此,本文通过选取国家战略层面支持、产业技术壁垒较高、研发支出占比较大的7个行业上市企业,运用其在2013至2018年间的面板数据,从费用化研发支出和资本化研发支出两个维度,分高融资约束和低融资约束两个组,对比研究了政府补助对这些企业研发创新能力的影响差异。实证结果表明:(1)2018年的税改政策促进了高融资约束企业提高研发投入,但对低融资约束企业无显著影响;(2)政府补助会对企业研发活动产生积极作用,但其作用会随着企业融资约束的缓解而减弱;(3)企业普遍存在调节现金持有来平滑研发支出的现象,在低融资约束企业,政府补助会对企业现金持有的研发平滑作用产生调节;(4)相比于费用化研发支出,政府补助对企业资本化研发支出并无显著影响,说明政府补助对企业研发成果的产出促进作用不大。因此,本文建议政府通过与金融市场的合作减少投资者与企业的信息不对称,将政府补助与研究产出挂钩,并根据企业融资约束条件实施有区别的政府补助政策,同时建立完善的督察机制,提高企业骗补行为的违法成本,切实提高政府补助对提升高新技术企业研发实力的积极作用。